#nexus 
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                      |         |         |         |         |         |         |         |         |         |       
Contig# 1                      AAGATTAAGCCATGCATGT?CTAAGTACAAACTTTAACACAGTGAAAC?TGCGAATGGCTCATTAGG]
Acanthobdella_peledina         AAGATTAAGCCATGCATGT-CTAAGTACAGACTTTCACATAGTGAAAC-CGCAAATGGCTCATTAAA
Ankyrodrilus_legaeus           AAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTACAAACTTTAACACAGTGAAAC-TGCGAATGGCTCATTAGG
Bdellodrilus_illuminatus       AAGATTAAGCCATGCATGT-CTAAGTACAAACTTTAGCACAGTGAACC-TGCGAATGGCTCATTAGG
Branchiobdella_parasita        AA??TTAAGCCATGCATGT-CTAAGTACAACTTTT-ACACAGTGAAAC-TGCGAATGGCTCATTAGG
Branchiobdella_pentodonta      ???????????????????????????????????????????????????????????????????
Cambarincola_gracilis          ?????TAAGCCATGCATGT-CTAAGTACAAACTTTAACACAGTGAAAC-TGCGAATGGCTCATTAGG
Cambarincola_holti             AAGATTAAGCCATGCATGT-CTAAGTACAAACTTTAACACAGTGAAAC-TGCGAATGGCTCATTAGG
Cambarincola_mesochoreus       AAGATTAAGCCATGCATGT-CTAAGTACAAACTTTAACACAGTGAAAC-TGCGAATGGCTCATTAGG
Cambarincola_montanus          AAGATTAAGCCATGCATGT-CTAAGTACAAACTTTAACACAGTGAAAC-TGCGAATGGCTCATTAGG
Cambarincola_pamelae           AAGATTAAGCCATGCATGT-CTAAGTACAAACTTTAACACAGTGAAAC-TGCGAATGGCTCATTAGG
Cambarincola_philadelphicus    ???ATTAAGCCATGCATGT-CTAAGTACAAACTTTAACACAGTGAAACCTGCGAATGGCTCATTAGG
Ceratodrilus_orphiorhysis      AAGATTAAGCCATGCATGT-CTAAGTACAAACTTTAACACAGTGAAAC-TGCGAATGGCTCATTAGG
Cirrodrilus_sapporensis        AAGATTAAGCCATGCATGT-CTAAGTACAAACTTTAACACAGTGAAAC-TGCGAATGGCTCATTAGG
Cronodrilus_ogygius            AAGATTAAGCCATGCATGT-CTAAGTACAAACTTTAACACAGTGAAAC-TGCGAATGGCTCATTAGG
Erpobdella_octoculata          AAGATTAAGCCATGCATGT-CTAAGCACATGCCTTCACATGGTAAAGC-TGCGAATGGCTCATTAGG
Glossiphonia_complanata        AAGATTAAGCCATGCATGT-CTAAGCACAAACTTTAACACGGTGAACC-TGCGAATGGCTCATTAGG
Hirudo_medicinalis             AAGATTAAGCCATGCATGT-CTAAGCTCATACCTTTACACGGTGAAGC-TGCGAATGGCTCATTAGG
Lumbricus                      AAGATTAAGCCATGCATGT-CTAAGCACAAACCTTTACACGGTGAAGC-TGCGAATGGCTCATTAGG
Magmatodrilus_obscurus         AAGATTAAGCCATGCATGT-CTAAGTATAAGCCTTTGTACTGTGAAAC-TGCGAATGGC?CATTAAA
Oedipodrilus_macbaini          AAGATTAAGCCATGCATGT-CTAAGTACAAACTTTAACACAGTGAAAC-TGCGAATGGCTCATTAGG
Piscicola_geometra             AAGATTAAGCCATGCATGT-CTAAGCACAAACTTTCAAACAGTGAAGC-TGCGAATGGCTCATTAGG
Pterodrilus_annulatus          AAGATTAAGCCATGCATGT-CTAAGTACAAACTTTAACACAGTGAAAC-TGCGAATGGCTCATTAGG
Sathodrilus_attenuatus         AAGATTAAGCCATGCATGT-CTAAGTACGAACTTTAGCACAGTGAAAC-TGCGAATGGCTCATTAGG
Triannulata_magna              ???ATTAATGCCTGCATGTGCTAAGTACA?ACTTTAACACAGTGAAAC-TGCGAATGGCTCATTAGG
Tubifex                        ???ATTAGCCCATGCATGT-CTAGGCACAA-CTTTA-CACAGT?AAGC-TGCGAATGGCTCATTAGG
Xironidrilus_formosus          AAGATTAAGCCATGCATGT-CTAAGTACAAACTTTAACACAGTGAAAC-TGCGAATGGCTCATTAGG
Xironogiton_victoriensis       AAGATTAAGCCATGCATGT-CTAAGTACGAACTTTAGCACAGTGAAAC-TGCGAATGGCTCATTAGG


[            110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210    
               |         |         |         |         |         |         |         |         |         |         |    
Contig# 1    CCACCCAT?GATTTCTTAGATCGTACAATCCT?ACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCATTCAAGCTCCGACCTTT?ACGGGAA?GAGCGCGTT]
ACA_18S      TCAGTTAT-GATTTCTTAGATCGTACAATCCT-ACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGAAACTCCGCTCCGACCT-C-GCGGGAA-GAGCGCTTT
ANLE         CCACCCAT-GATTTCTTAGATCGTACAATC?T-ACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCATTTAAGCTCCGACCTTT-ACGGGAA-GAGCGCGTT
BDIL_18S     CCACCCAT-GATTTCTTAGATCGTACAATCCT-ACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCATTAAAGCTCCGACCTTT-ACGGGAA-GAGCGCGTT
BRPA_18S     CCACCCAT-GATTTATTAGATCGTACAATCCT-ACTGGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCATTCAAGCTCAGACCGTT-AAGGGAA-GAGCGCGTT
BRPE         ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
CAGR_18s     CCACCCAT-GATTTCTTAGATCGTACAATCCT-ACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCATTTAAGCTCCGACCTTT-ACGGGAA-GAGCGCGTT
CAHO_18s     CCACCCAT-GATTTCTTAGATCGTACAATCCT-ACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCATTTAAGCTCCGACCTTT-ACGGGAA-GAGCGCGTT
CAME_18S     CCACCCAT-GATTTCTTAGATCGTACAATCCT-ACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCATTTAAGCTCCGACCTTT-ACGGGAA-GAGCGCGTT
CAMO_18S     CCACCCAT-GATTTCTTAGATCGTACAATCCT-ACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCATTTAAGCTCCGACCTTT-ACGGGAA-GAGCGCGTT
CAPA_18s     CCACCCAT-GATTTCTTAGATCGTACAATCCT-ACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCATTCAAGCTCCGACCTTT-ACGGGAA-GAGCGCGTT
CAPH_18s     CCACCCAT-GATTTCTTAGATCGTACAATCCT-ACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCATTTAAGCTCCGACCTTT-ACGGGAA-GAGCGCGTT
CEPR         CCACCCAT-GATTTCTTAGATCGTACAATCCT-ACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCATTTAAGCTCCGACCTTT-AAGGGAA-GAGCGCGTT
CISA_18s     CCACCCAT-GATTTCTTAGATCGTACAATCCT-ACTTGGACAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCATTCAAGCTCCGACCTTT-TCGGGAA-GAGCGCGTT
CROG_18s     CCACCCAT-GATTTCTTAGATCGTACAATCCT-ACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCATTCAAGCTCCGACCTTT-ACGGGAA-GAGCGCGTT
EOC_18S      CCACCCAT-GATTTCTTAGATCGTACAATCCTTACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCATACAATCTCTGACCCGC-GAGGGAAAGAGAGCGTT
GC2_18S      CCACCCAT-GATTTCTTAGATCGTACAATCCT-ACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCAAAAAAGCTCGGACCCTC-GCGGGAACGAGCGCGTT
HIR_18S      CCACCCAT-GATTTATTAGATCGTACTATTCT-ACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCAACCAAGCTCTGACCCGC-GAGGGGAGGAGCGCGTT
Lumb_rub18s  CCACCCATCAATTTCTTAGATCGTACAATCCT-ACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCCACAAAGCTCCGCCCTT--ATGGGAAAGAGCGCGTT
MOBS         TCAGTTAT-AGTTTATTTGATGGT-TTTTGCT-ACATGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCATTCAAGCCCCGACTTC---TGGAAG-GGGTGTATT
OEMA_18s     CCACCCAT-GATTTCTTAGATCGTACAATCCT-ACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCATTCAAGCTCCGACCTTT-ACGGGAA-GAGCGCGTT
PGEO_18S     CCACCCAT-GATTTATTAGATCGTAAAAATTT-ACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCACTAAAGCTCCGACCTT--ACGGAAA-GGGCGCGTT
PTAN_18S     CCACCCAT-GATTTCTTAGATCGTACAATCCT-ACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCATTCAAGCTCCGACCTTT-ACGGGAA-GAGCGCGTT
SAAT_18S     CCACCCAT-GATTTCTTAGATCGTATTATCCT-ACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCATTCAAGCTCCGACCTTT--CGGGAA-GAGCGCGTT
TRMA_18s     CCACCCAT-GATTTCTTAGATCGTACAATCCT-ACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCATTCAAGCTCCGACCTTT--CGGGAC-GAGCGCGTT
Tubifex_18s  TCACCCAT-GATTTCTTAGATCGTACAATCCT-ACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCGAGCAAGCTCCGACCCCTCGTGGGAAAGAGCGCGTT
xifo         CCACCCAT-GATTTCTTAGATCGTACAATCCT-ACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCATTTAAGCTCCGACCTTT-ACGGGAA-GAGCGCGTT
XIVI_18s     CCACCCAT-GATTTCTTAGATCGTATTATCCT-ACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCATTCAAGCTCCGACCTTT--CGGGAA-GAGCGCGTT

[               220       230       240       250       260       270       280       290       300       310       320 
                  |         |         |         |         |         |         |         |         |         |         | 
Contig# 1    TATTAGATCAAAACCAATCGGGTCTCACGAC?????????????????C???????CGYCT?GTTGGTGACTCT?GGAT?AACCTCGAGCTGATCGCATGGCCHCGTG]
ACA_18S      TATTAGATCAAGATCAATCGGGTTTC--GGC-----------------C-------CGTCCTATTGGTGATTCT-GAAT-AACTTTGTGCTGATCGCACGGCCACGAG
ANLE         TATTAGATCAAAACCAATCAGGTCTCACGAC-----------------C-------TGTGTAGTTGGTGACTCT-GGAT-AACCTCGAGCTGATCGCATGGCCCCGTG
BDIL_18S     TATTAGATCAAAACCAATCGGGTTTCACGAC-----------------C-------CGCTTTGTTGGTGACTCT-GGAT-AACCTCGAGCTGATCGCATGGCCCAGTG
BRPA_18S     TATTAGATCAAAACCATCGGGAGCACATTAT--------GTGTGCGTAC-------CCTTCAGTTGGTGACTCTTGGAT-AACCTTAGAC-GATCGCATGGCCCTGTG
BRPE         ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
CAGR_18s     TATTAGATCAAAACCAATCGGGTCTCACGAC-----------------C-------CGCCTTGTTGGTGACTCT-GGAT-AACCTCGAGCTGATCGCATGGCCCCGTG
CAHO_18s     TATTAGATCAAAACCAATCGGGTCTCACGAC-----------------C-------CGCCTAATTGGTGACTCT-GGAT-AACCTCGAGCTGATCGCATGGCCCCGTG
CAME_18S     TATTAGATCAAAACCAATCGGGTCTCACGAC-----------------C-------CGCCTAATTGGTGACTCT-GGAT-AACCTCGAGCTGATCGCATGGCCCCGTG
CAMO_18S     TATTAGATCAAAACCAATCGGGTCTCACGAC-----------------C-------CGTCTTGTTGGTGACTCT-GGAT-AACCTCGAGCTGATCGCATGGCCCCGTG
CAPA_18s     TATTAGATCAAAACCAATCGGGTCTCACGAC-----------------C-------CGCATAATTGGTGACTCT-GGAT-AACCTCGAGCTGATCGCATGGCCCCGTG
CAPH_18s     TATTAGATCAAAACCAATCGGGTCTCACGAC-----------------C-------CGCCTAATTGGTGACTCT-GGAT-AACCTCGAGCTGATCGCATGGCCCCGTG
CEPR         TATTAGATCAAAACCAATCGGGTCTCACGAC-----------------C-------CGCCTTGTTGGTGACTCTTGGAT-AACCTCGAGCTGATCGCATGGCCCCGTG
CISA_18s     TATTAGATCAAAACCAATCGGGTCTCACGAC-----------------C-------CGTCATGTTGGTGACTCT-GGAT-AACCTTGAGCTGATCGCATGGCCTCGTG
CROG_18s     TATTAGATCAAAACCAATCGGGTCTCACGAC-----------------C-------CGCCTAATTGGTGACTCT-GGAT-AACCTCGAGCTGATCGCATGGCCCCGTG
EOC_18S      TATTAGATCAAAACTAATCGGATGTTACGGCTCCCGGTCTCGGCCGGGCGTCGGTCCGCATCGTTGGTGACTCT-GGAT-AACTTCGAGCTGATCGCACAGCCTTGAG
GC2_18S      TATTAGATCAAAACCAATCGGATCGCAAGGT-----------------C-------CGTCCCGTTGGTGACTCT-GGAT-AACTTCGAGCAGATCGCACGGCCTCGCG
HIR_18S      TATTAGATCAAAACCAATCGGTTCTT-CGTCTCT---TCGCGG--GGACGGAGG-CCGTAACGATGGTGACTCT-GGAT-AACTTCGGGCGGATCGCATGACCTCGAG
Lumb_rub18s  TATTAGGTCAAA-CCAATCGGGTCCT-CG-C--------G-GCCCGTAA-------CTC-----TGATAACTCT-GGATTAACTTCGAGCTGATCGCATGGCCTCGCG
MOBS2        TATTAGATAAAAATCAA-----CTTT------------------------------------GTTGGTGAATCA-TAAT-AACTTC--TCGGACCGCATGGCCTTGTG
OEMA_18s     TATTAGATCAAAACCAATCGGGTTTCACGAC-----------------C-------CGTCTTGTTGGTGACTCT-GGAT-AACCTCGAGCTGATCGCATGGCCCCGTG
PGEO_18S     TATTAGATCAAAATCAATCGGGCTTCG--------------GCTCGTAA--------ATT---TTGGTGACTCT-GAAT-AAATTACGGCTGATCGCACGACCTAGCG
PTAN_18S     TATTAGATCAAAACCAATCGGGCCTCACGGC-----------------C-------CGTCTTGTTGGTGACTCT-GGAT-AACCTCGAGCTGATCGCATGGCCCCGTG
SAAT_18S     TATTAGATCAAAACCAATCGGGTTTCACGAC-----------------C-------CGCC-TGTTGGTGACTCT-GGAT-AACCTTGAGCTGATCGCATGGCCTCGGG
TRMA_18s     TATTAGATCAAAACCAATCGGGTCTCACGGC-----------------C-------CGTCATGTTGGTGACTCT-GGAT-AACCTCGAGCTGATCGCATGGCCTCGTG
Tubifex_18s  TATTAGATCAAAACCAATCGGG-CTCTCGG-----------GTCCGTAC--------GT----TTGGTGACTCT-GGAT-AACTTTGAGCGGATCGCACGGGCTTGTC
xifo         TATTAGATCAAAACCAATCAGGTCTCACGAC-----------------C-------TGTGTAGTTGGTGACTCT-GGAT-AACCTCGAGCTGATCGCATGGCCCCGTG
XIVI_18s     TATTAGATCAAAACCAATCGGGTTTCACGAC-----------------C-------CGCC-TGTTGGTGACTCT-GGAT-AACCTTGAGCTGATCGCATGGCCTCGGG

[                  330       340       350       360       370       380       390       400       410       420        
                     |         |         |         |         |         |         |         |         |         |        
Contig# 1    CCGG?CGACGGATCTTTCAAGTGTGTGCCCTATCAACTTTCGATGGTACGT?GACHTGCCTACCATGGTTGT?AACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGA]
ACA_18S      CCGG-CGACGTATCTTTCAAGTGTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTACGT-GATATGCCTACCATGGTTGT-AACGGGTAACGGAGAATCAGGGTTCGATTCCGGA
AnLE         CCGG-CGACGGATCTTTCAAGTGTGTGCCCTATCAACTTTCGATGGTACGT-GACTTGCCTACCATGGTTGT-AACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGA
BDIL_18S     CCGG-CGACGGATCTTTCAAGTGTGTGCCCTATCAACTTTCGATGGTACGT-GACCTGCCTACCATGGTTGT-AACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGA
BRPA_18S     CCGG-CGACGGATCTTTCAAGTGTGTGCCCTATCAACTTTCGATGGTACGT-GACTTGCCTACCATGGTTGT-AACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGA
BRPE         ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
CAGR_18s     CCGG-CGACGGATCTTTCAAGTGTGTGCCCTATCAACTTTCGATGGTACGT-GACTTGCCTACCATGGTTGT-AACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGA
CAHO_18s     CCGG-CGACGGATCTTTCAAGTGTGTGCCCTATCAACTTTCGATGGTACGT-GACCTGCCTACCATGGTTGT-AACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGA
CAME_18S     CCGG-CGACGGATCTTTCAAGTGTGTGCCCTATCAACTTTCGATGGTACGT-GACCTGCCTACCATGGTTGT-AACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGA
CAMO_18S     CCGG-CGACGGATCTTTCAAGTGTGTGCCCTATCAACTTTCGATGGTACGT-GACTTGCCTACCATGGTTGT-AACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGA
CAPA_18s     CCGG-CGACGGATCTTTCAAGTGTGTGCCCTATCAACTTTCGATGGTACGT-GACCTGCCTACCATGGTTGT-AACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGA
CAPH_18s     CCGG-CGACGGATCTTTCAAGTGTGTGCCCTATCAACTTTCGATGGTACGT-GACCTGCCTACCATGGTTGT-AACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGA
CEPR         CCGG-CGACGGATCTTTCAAGTGTGTGCCCTATCAACTTTCGATGGTACGT-GACCTGCCTACCATGGTTGT-AACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGA
CISA_18s     CCGG-CGACGGATCTTTCAAGTGTGTGCCCTATCAACTTTCGATGGTACGT-GACCTGCCTACCATGGTTGT-AACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGA
CROG_18s     CCGG-CGACGGATCTTTCAAGTGTGTGCCCTATCAACTTTCGATGGTACGT-GACCTGCCTACCATGGTTGT-AACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGA
EOC_18S      CTGG-CGACGGATCTTTCAAGTGTGTGCCCTATCAACTTTCGATGGTACGT-GACTTGCCTACCATGGTCAT-AACGGGTAACGGAGAATCAGGGTTCGATTCCGGA
GC2_18S      CCGG-CGACGGGTCTTTCAAGTGTGTGCCCTATCAACTTTCGATGGTACGC-GACCTGCCTACCATGGTTGT-AACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGA
HIR_18S      TCGG-CGACAGATCTTTCAAGTGTGTGCCCTATCAACTTTCGATGGTACGC-GACTTGCCTACCATGGTAGT-AACGGGTTACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGA
Lumb_rub18s  CCGGGCGACGTATCTTTCAAGTGTGTGCCCTATCAACTTTCGATGGTACGTAGATATGCCTACCATGGTAGTTAACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGA
MOBS         CTGG-CGGTGCTTCATTCAAATATCTGCCCTATCAACTGTCGATGGTAGGA-TAGAGGCCTACCATGGTTGC-AACGGGTAACGGGGAATAAGGGTTCGATTCCGGA
OEMA_18s     CCGG-CGACGGATCTTTCAAGTGTGTGCCCTATCAACTTTCGATGGTACGT-GACTTGCCTACCATGGTTGT-AACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGA
PGEO_18S     TCGG-CGACAGATCTTTCAAGTGTGTGCCCTATCAACTTTCGATGGTATGT-GATATGCTTACCATGGTTGT-AACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGA
PTAN_18S     CCGG-CGACGGATCTTTCAAGTGTGTGCCCTATCAACTTTCGATGGTACGT-GACTTGCCTACCATGGTTGT-AACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGA
SAAT_18S     CCGG-CGACGGATCTTTCAAGTGTGTGCCCTATCAACTTTCGATGGTACGT-GACCTGCCTACCATGGTTGT-AACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGA
TRMA_18s     CCGG-CGACGGATCTTTCAAGTGTGTGCCCTATCAACTTTCGATGGTACGT-GACCTGCCTACCATGGTTGT-AACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGA
Tubifex_18s  CCGG-CGACGTATCTTTCAAGTGTGTGCCCTATCAACTTTCGATGGTACGC-GATATGCCTACCATGGTTGT-AACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGA
xifo         CCGG-CGACGGATCTTTCAAGTGTGTGCCCTATCAACTTTCGATGGTACGT-GACTTGCCTACCATGGTTGT-AACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGA
XIVI_18s     CCGG-CGACGGATCTTTCAAGTGTGTGCCCTATCAACTTTCGATGGTACGT-GACCTGCCTACCATGGTTGT-AACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGA

[           430       440       450       460       470       480       490       500       510       520       530     
              |         |         |         |         |         |         |         |         |         |         |     
Contig# 1    GAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCA?GCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCTAACGCAGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATACGGGACTC]
ACA_18S      GAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATTCAAGGAAGGCA-GCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCTTGCACGGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATACGGGATCT
ANLE         GAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCA-GCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCTAACACAGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATACGGGACTC
BDIL_18S     GAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCA-GCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCTAACACAGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATACGGGACTC
BRPA_18S     GAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCA-GCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCTAACACAGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATACGGGACTC
BRPE         ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
CAGR_18s     GAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCA-GCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCTAACGCAGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATACGGGACTC
CAHO_18s     GAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCA-GCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCTAACGCAGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATACGGGACTC
CAME_18S     GAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCA-GCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCTAACGCAGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATACGGGACTC
CAMO_18S     GAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCA-GCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCTAACGCAGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATACGGGACTC
CAPA_18s     GAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCA-GCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCTAACGCAGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATACGGGACTC
CAPH_18s     GAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCA-GCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCTAACGCAGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATACGGGACTC
CEPR         GAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCA-GCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCTAACGCAGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATACGGGACTC
CISA_18s     GAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCA-GCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCTAACACAGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATACGGGACTC
CROG_18s     GAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCA-GCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCTAACGCAGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATACGGGACTC
EOC_18S      GAGGGAGCATGAGATACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCA-GCAGGCGCGCAAATTACCCATTCCTAATTCAGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATACGGGACTC
GC2_18S      GAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCA-GCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCTAACGCAGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACGATACGGGACTC
HIR_18S      GAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATGCAAGGAAGGCAAGCAGGCGCGCAAATCACCCACTCCTAACTCACTTAGGTAGTTACGAAAAATATCGATTCGGGACTC
Lumb_rub18s  GAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCA-GCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATACAGGGCCT
MOBS         GAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCA-GCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATATGTCACAATATACGGCCT
OEMA_18s     GAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCA-GCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCTAACGCAGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATACGGGACTC
PGEO_18S     GAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCA-GCAGGCGCGCAAATTACCCATTCCTAACACAGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATACGAGTCTC
PTAN_18S     GAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCA-GCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCTAACGCAGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATACGGGACTC
SAAT_18S     GAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCA-GCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCTAACGCAGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATACGGGACTC
TRMA_18s     GAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACAT?CAAGGAAGGCA-GCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCTAACACAGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATACGGGACTC
Tubifex_18s  GAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCA-GCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCCGACACGGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATACGGGACTC
xifo         GAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCA-GCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCTAACACAGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATACGGGACTC
XIVI_18s     GAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCA-GCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCTAACGCAGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATACGGGACTC

[              540       550       560       570       580       590       600       610       620       630       640  
                 |         |         |         |         |         |         |         |         |         |         |  
Contig# 1    THAT??GAGGCCCCGTAATTGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCT?GGTGCCAGCA?GCCGCGGTAATTCCAGCTCCAAT]
ACA_18S      CTTC--GAGGCCCCGTAATTGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCTATTGGAGGGCAAGTCT-GGTGCCAGCA-GCCGCGGTAATTCCAGCTTCAAT
ANLE         TAAT--GAGGCTCCGTAATTGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCT-GGTGCCAGCA-GCCGCGGTAATTCCAGCTCCAAT
BDIL_18S     TATT--GAGGCCCCGTAATTGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCT-GGTGCCAGCA-GCCGCGGTAATTCCAGCTCCAAT
BRPA_18S     TTTT--GAGGCCCCGTAATTGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCT-GGTGCCAGCA-GCCGCGGTAATTCCAGCTCCAAT
BRPE         ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
CAGR_18s     TCAT--GAGGCTCCGTAATTGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCT-GGTGCCAGCA-GCCGCGGTAATTCCAGCTCCAAT
CAHO_18s     TCAT--GAGGCTCCGTAATTGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCT-GGTGCCAGCA-GCCGCGGTAATTCCAGCTCCAAT
CAME_18S     TCAT--GAGGCTCCGTAATTGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCT-GGTGCCAGCA-GCCGCGGTAATTCCAGCTCCAAT
CAMO_18S     TCAT--GAGGCTCCGTAATTGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCT-GGTGCCAGCA-GCCGCGGTAATTCCAGCTCCAAT
CAPA_18s     TCAT--GAGGCTCCGTAATTGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCT-GGTGCCAGCA-GCCGCGGTAATTCCAGCTCCAAT
CAPH_18s     TCAT--GAGGCTCCGTAATTGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCT-GGTGCCAGCA-GCCGCGGTAATTCCAGCTCCAAT
CEPR         TCAT--GAGGCTCCGTAATTGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCT-GGTGCCAGCA-GCCGCGGTAATTCCAGCTCCAAT
CISA_18s     TTTT--GAGGCCCCGTAATTGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCT-GGTGCCAGCA-GCCGCGGTAATTCCAGCTCCAAT
CROG_18s     TCAT--GAGGCTCCGTAATTGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCT-GGTGCCAGCA-GCCGCGGTAATTCCAGCTCCAAT
EOC_18S      TTAC--GAGGCCCCGTGATTGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCAATTGGAGGGCAAGTCT-GGTGCCAGCA-GCCGCGGTAATTCCAGCTCCAAT
GC2_18S      TAAT--GAGGCCCCGTAATCGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCAATTGGAGGGCAAGTCT-GGTGCCAGCA-GCCGCGGTAATTCCAGCTCCAAT
HIR_18S      TCAT--GAGGCCGCGTGATCGGAATGAGTTCACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCAATTGGAGGGCAAGTCTTGGTGCCAGAA-GCCGCGGTCATGCCAGCTTCAAT
Lumb_rub18s  CTTTTCGAGGCCCCGTAATTGGAATGAGTCCACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCTATTGGAGGGCAAGTCT-GGTGCCAGCA-GCCGCGGTAATTCCAGCTCCAAT
MOBS         -TAT---ACGTCGTATAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCT-GGTGCCAGCA-GCCGCGGTAATTCCAGCTCCAAT
OEMA_18s     TCAT--GAGGCTCCGTAATTGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCT-GGTGCCAGCA-GCCGCGGTAATTCCAGCTCCAAT
PGEO_18S     TTAT--GAGGCCTCGTAATTGGAATGAGTAGAATTTAAATCCTTTAATGAGGATCAATTGGAGGGCAAGTCT-GGTGCCAGCA-GCCGCGGTAATTCCAGCTCCAAT
PTAN_18S     TCTT--GAGGCTCCGTAATTGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCT-GGTGCCAGCA-GCCGCGGTAATTCCAGCTCCAAT
SAAT_18S     AATT--GAGGCCCCGTAATTGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCT-GGTGCCAGCA-GCCGCGGTAATTCCAGCTCCAAT
TRMA_18s     TTTT--GAGGCCCCGTAATTGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCT-GGTGCCAGCA-GCCGCGGTAATTCCAGCTCCAAT
Tubifex_18s  ATTC--GAGGCCCCGTAATTGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCT-GGTGCCAGCA-GCCGCGGTAATTCCAGCTCCAAT
XIFO         TAAT--GAGGCTCCGTAATTGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCT-GGTGCCAGCA-GCCGCGGTAATTCCAGCTCCAAT
XIVI_18s     AATT--GAGGCCCCGTAATTGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCT-GGTGCCAGCA-GCCGCGGTAATTCCAGCTCCAAT

[                 650       660       670       680       690       700       710       720       730       740         
                    |         |         |         |         |         |         |         |         |         |         
Contig# 1    AGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTA?GTTGGATCTCTGGTCCAGGCTCGCGGTTCGCCTCGCGGCGAC?ACTGCCCG?TCCTGACCTACCAACCG]
ACA_18S      AGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTA-GTTGGATCTCAGGTCCAGGCTCGAGGTCCACCTCGCGGTGGCTACTTCCTG-TCCTGACCTACCATCCG
ANLE         AGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAATAGCTCGTA-GTTGGATCTCTGGTCCAGGCTCGCGGTTCGCCTAGCGGCGAT-ACTGCCCG-TCCTGACCTACCAACCG
BDIL_18S     AGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGATAAAAAGCTCGTA-GTTGGATCTCTGGTCCAGGCTCGCGGTTCGCCTCGCGGCGAT-ACTGCCCG-TCCTGACCTACCAACCG
BRPA_18S     AGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTA-GTTGGATCTCTGGTCCAGGCTCGCGGTTCGCCTCGCGGCGAT-ACTGCCTG-TCCTGACCTCCCAACCG
BRPE         ???CTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTA-GTTGGATCTCTGGTTTAGGCTCGCGGTTCGCCTCGCGGCGAT-ACTGCCCG-TCCTGACCTACCAACCG
CAGR_18s     AGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTA-GTTGGATCTCTGGTCCAGGCTCGCGGTTCGCCTCGCGGCGAC-ACTGCCCG-TCCTGACCTACCAACCG
CAHO_18s     AGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTA-GTTGGATCTCTGGTCCAGGCTCGCGGTTCGCCTCGCGGCGAC-ACTGCCCG-TCCTGACCTACCAACCG
CAME_18S     AGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTA-GTTGGATCTCTGGTCCAGGCTCGCGGTTCGCCTCGCGGCGAC-ACTGCCCG-TCCTGACCTACCAACCG
CAMO_18S     AGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAA-GCTCGTA-GTTGGATCTCTGGTCCAGGCTCGCGGTTCGCCTCGCGGCGAC-ACTGCCCG-TCCTGACCTACCAACCG
CAPA_18s     AGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTA-GTTGGATCTCTGGTCCAGGCTCGCGGTTCGCCTCGCGGCGAC-ACTGCCCG-TCCTGACCTACCAACCG
CAPH_18s     AGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAA-GCTCGTA-GTTGGATCTCTGGTCCAGGCTCGCGGTTCGCCTCGCGGCGAC-ACTGCCCG-TCCTGACCTACCAACCG
CEPR         AGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTA-GTTGGATCTCTGGTCCAGGCTCGCGGTTCGCCTCGCGGCGAC-ACTGCCCG-TCCTGACCTACCAACCG
CISA_18s     AGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTA-GTTGGATCTCTGGTCCAGGCTCGCGGTTCGCCTTGCGGCGTT-ACTGCCCG-TTCTGAC?TACCAACCG
CROG_18s     AGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTA-GTTGGATCTCTGGTCCAGGCTCGCGGTTCGCCTCGCGGCGAC-ACTGCCCG-TCCTGACCTACCAACCG
EOC_18S      AGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTA-GTTGGATCTCGGGTTCGGATCGGCGGTTCGCCTAACGGCGCA-ACTGCCGAACTCCGACCTGTTTTTCG
GC2_18S      AGCGTATATTAAAGTTGCTGCAGTTTAAAAGCTCGTAAGTTGGATCTCGGGTTTGGGCCGGCGGTTCGCTTCGCGGCGTT-ACTGCCGG-CGCCGACCTACCTGCCG
HIR_18S      AGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTA-GTTGGATCTCGGGTTCGGACTGGTTGCACGCCTCGCGGCGTA-GCGACCCG-CTCCGACCTGTTTTTCG
Lumb_rub18s  AGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTA-GTTGGATCTCGGGTCCAGGCTGGCGGTTCCTTCCGCGGT-AC--CTTCCCG-GCC-GTCCTAGCCGCCG
MOBS         AGCGTATATTAAAGTTGTtGCAGTTAAAAAGCTCGTA-GTTGGAtCT?gGg?C?GGgtgaCCGgTaCacCTCGGtgcGaC-TCtGGCCG-tcttgacTcatCAacCA
OEMA_18s     AGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTA-GTTGGATCTCTGGTCCAGGCTCGCGGTTCGCCTCGCGGCGAC-ACTGCCCG-TCCTGACCTACCAACCG
PGEO_18S     AGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTA-GTTGAATCTCTGGTCTAGGACGATCGTTCACCTAATGGTGTA-ACTTTCGT-ACCTGACTCATTATCCG
PTAN_18S     AGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTA-GTTGGATCTCTGGTCCAGGCTCGCGGTTCGCCTCGCGGCGAC-ACTGCCCG-TCCTGACCTACCAACCG
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TRMA_18s     AGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTA-GTTGGATCTCTGGTCCAGGCTCGCGGTTCGCCTCGCGGCGAT-ACTGCCCG-TCCTGACCTACCAACCG
Tubifex_18s  AGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTA-GTTGGATCTCGGGTCCAGGCTCGCGGTTCGCCTCGCGCGATC-ACTGCCCG-TCCTGACCTACCTCCC?
XIFO         AGCGTATAT-GAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTA-GTTGGATCTCTGGTCCAGGCTCGCGGTTCGCCTAGCGGCGAT-ACTGCCCG-TCCTGACCTACCAACCG
XIVI_18s     AGCGTATATTAAAGTTGT-GCAGTTAAAAAGCTCGTA-GTTGGATCTCTGGTCCAGGCTCGCGGTTCGCCTCGCGGCGTT-ACTGCCCG-TCCTGACCTACCAACCG

[          750       760       770       780       790       800       810       820       830       840       850      
             |         |         |         |         |         |         |         |         |         |         |      
Contig# 1    GTTTT?CCCTTGGTGCTCTTCACTGAGTGCTTCGGGTGGCCGGATCGTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTCAAAGCAGGC?ATTTC?GCCTGAATAGTGGTGCAT]
ACA_18S      GTTTT-CCCTTGGTGCTCTTGATTGAGTGTCTCGGGTGGCCAGAACGTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGC-GCTTC-GCCTGAATAATGGTGCAT
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BDIL_18S     GTTTT-CCCTTGGTGCTCTTTACTGAGTGCTTCGGGTGGCCGGATCGTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTCAAAGCAGGC-ATTTC-GCCTGAATAGTGGTGCAT
BRPA_18S     GTTTT-CCCTTGGTGCTCTTCACTGAGTGCTTTGGGTGGCCGGATCGTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTCAAAGCAGGC-ATTTC-GCCTGAATAGTGGTGCAT
BRPE         GTTTT-CCTTTGGTGCTCTTCACTGAGTGCTTCGGGTGGCCGGATCGTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTCAAAGCAGGC-ATTTT-GCCTGAATAGTGGTGCAT
CAGR_18s     GTTTT-CCCTTGGTGCTCTTCACTGAGTGCTTCGGGTGGCCGGATCGTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTCAAAGCAGGC-ATTTC-GCCTGAATAGTGGTGCAT
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CAME_18S     GTTTT-CCCTTGGTGCTCTTCACTGAGTGCTTCGGGTGGCCGGATCGTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTCAAAGCAGGC-ATTTC-GCCTGAATAGTGGTGCAT
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CEPR         GTTTT-CCCTTGGTGCTCTTCACTGAGTGCTTCGGGTGGCCGGATCGTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTCAAAGCAGGC-ATTTC-GCCTGAATAGTGGTGCAT
CISA_18s     GTTTT-CTCTTGGTGCTC?TTAATGAGTGCTTCGAGTGGCCGGATCGTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTCAAAGCAGGC-ATTTC-GCCTGAATAGTGGTGCAT
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HIR_18S      GTTCTGCGCCCGGTTCTCTTAACCGAGTGCCGGGTGCGGCCGAGACGTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTTAAAGCAGGCTCG-ACAGCCTGAATAGTAGCGCAT
Lumb_rub18s  GTCTT-CGCTTGGTGCTCTTCGTTGAGTGCCTCGCGCGGCCGACAGATTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTCAAAGCAGGC-GCTTC-GCTTGTATAGTCGTGCAT
MOBS         GGTTTTCCCtTGGtGctcTGcATtgAgtGCtTCAGGtGaCCggATCgtTTaCTTTgaAAAAATTAgAGTGcTcAAAgCAGGC-aTTTc-GCCTGaAtAgT?GTGCAt
OEMA_18s     GTTTT-CTCTTGGTGCTCTTCACTGAGTGCTTCGGGTGGCCGGATCGTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTCAAAGCAGGC-ATTTC-GCCTGAATAGTGGTGCAT
PGEO_18S     GTCCG-AGGCGTGTGTGCTTCAACGCGCGCGCGCCGCGGTCGGAATGTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTCAAAGCAGGC-AGTACAGCCTGAATAGTAGTGCAT
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TRMA_18s     GTTTT-CCCTTGGTGCTCTTCACTGAGTGCTTCGGGTGGCCGGATCGTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTCAAAGCAGGC-ATTTC-GCCTGAATAGTGGTGCAT
Tubifex_18s  ?TTTT-CCCTTGGTGCTCTTCGCTGAGTGCTTTGGGTGGCCGGAACGTTTACTTTAAAAAAATTAGAGTGCTCAAAGCAGGC-GGACT-GCCTGAATAATAGTGCAT
XIFO         GTTTT-CCCTTGGTGCTCTTCACTGAGTGCTTCGGGTGGCCGGATCGTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTCAAAGCAGGC-ATCTC-GCCTGTATAGTGGTGCAT
XIVI_18s     GTTTT-CCCTTGGTGCTCTTTACTGAGTGCTTCGGGTGGCCGGATCGTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTCAAAGCAGGC-ATTTC-GCCTGAATAGTGGTGCAT

[             860       870       880       890       900       910       920       930       940       950       960   
                |         |         |         |         |         |         |         |         |         |         |   
Contig# 1    GGAATAATAGAATAGGACCTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGGACTCGAGGTAATGATTAACAGGGACAGACGGGGGCATTCGTATTACGGTGTTAGAGGTGAAA]
ACA_18S      GGAATAATGGAACAGGACCTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGAAGTCGAGGTAATGATTAAGAGGGACAGACGGGGGCATTCGTATTACGGTGTTAGAGGTGAAA
ANLE         GGAATAATAGAATAGGACCTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGGACTCGAGGTAATGATTAACAGGGACAGACGGGGGCATTCGTATTACGGTGTTAGAGGTGAAA
BDIL_18S     GGAATAATAGAATAGGACCTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGGACTCGAGGTAATGATTAACAGGGACAGACGGGGGCATTCGTATTACGGTGTTAGAGGTGAAA
BRPA_18S     GGAATAATAGAATAGGACCTCGGTTCTATTTTGTTGGTTT-CGGGACTCGAGGTAATGATTAACAGGGACAGACGGGGGCATTCGTATTACGGTGTTAGAGGTGAAA
BRPE         GGAATAATAGAATAGGACCTCGGTTC?ATTTTGTTGGTTTTCGGGACTCAAGGTAATGATTAACAGGGACAGACGGGGGCATTCGTATTACGGGGTTATAGGTGAAA
CAGR_18s     GGAATAATAGAATAGGACCTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGGACTCGAGGTAATGATTAACAGGGACAGACGGGGGCATTCGTATTACGGTGTTAGAGGTGAAA
CAHO_18s     GGAATAATAGAATAGGACCTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGGACTCGAGGTAATGATTAACAGGGACAGACGGGGGCATTCGTATTACGGTGTTAGAGGTGAAA
CAME_18S     GGAATAATAGAATAGGACCTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGGACTCGAGGTAATGATTAACAGGGACAGACGGGGGCATTCGTATTACGGTGTTAGAGGTGAAA
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CAPH_18s     GGAATAATAGAATAGGACCTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGGACTCGAGGTAATGATTAACAGGGACAGACGGGGGCATTCGTATTACGGTGTTAGAGGTGAAA
CEPR         GGAATAATAGAATAGGACCTCGGTTCGATTTTGTTGGTTTTCGGGACTCGAGGTAATGATTAACAGGGACAGACGGGGGCATTCGTATTACGGTGTTAGAGGTGAAA
CISA_18s     GGAATAATAGAATAGGACCTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGGACTCGA?GTAATGATTAACAGGGACAGACGGGGGCATTCGTATTACGGTGTTAGAGGTGAAA
CROG_18s     GGAATAATAGAATAGGACCTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGGACTCGAGGTAATGATTAACAGGGACAGACGGGGGCATTCGTATTACGGTGTTAGAGGTGAAA
EOC_18S      GGAATAATAGAATAGGACCTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTACGGAGCTCGAGGTAATGATTAAGAGGGACAGACGGGGGCATTCGTATTACGGTGTTAGAGGTGAAA
GC2_18S      GGAATAATGGAATAGGACCTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGAGCTCGAGGTAATGATTAAGAGGGACGGACGGGGGCATTCGTATTACGGTGTTAGAGGTGAAA
HIR_18S      GGAATAATAGAATAGGACCTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGAGCTCGAGGTAATGATTAAGAGGGACAGACGGGGGCATTCGTATTACGGTGTTAGAGGTGAAA
Lumb_rub18s  GGAATAATGGAATAGGACCTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGAACT-GAGGTAATGATTAAGAGGGACGAACGGGGGCATTCGTATTACGGTGTCAGAGGTGAAA
MOBS         GGaATTATAGAATAGGACCtCGGTTcTATTTTGTtGGtGTTCgGGACTcgAGGTAATGATTaACAGGGACAG?CGGGGGCATTcGTAtT?CgGTGTTAgAGGTGAAA
OEMA_18s     GGAATAATAGAATAGGACCTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGGACTCGAGGTAATGATTAACAGGGACAGACGGGGGCATTCGTATTACGGTGTTAGAGGTGAAA
PGEO_18S     GGAATAATGGAATAGGACCTCTGTTCTATTTTGTTGGTTTTTGGAATACGAGGTAATGATTAAGAGAGACAGACGGGGGCATTCGTATTACAGTGTTAGAGGTGAAA
PTAN_18S     GGAATAATAGAATAGGACCTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGGACTCGAGGTAATGATTAACAGGGACAGACGGGGGCATTCGTATTACGGTGTTAGAGGTGAAA
SAAT_18S     GGAATAATAGAATAGGACCTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGGACTCGAGGTAATGATTAACAGGGACAGACGGGGGCATTCGTATTACGGTGTTAGAGGTGAAA
TRMA_18s     GGAATAATAGAATAGGACCTCGG?TCTATTTTGTTGGTTTTCGGGACTCGAGGTAATGATTAACAGGGACAGACGGGGGCATTCGTATTACGGTGTTAGAGGTGAAA
Tubifex_18s  GGAATAATGGAATAGGACCTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGAACTCGAGGTAATGATTAAGAGGGACAGACGGGGGCATTCGTATTACGGTGTTAGAGGTGAAA
XIFO         GGAATAATAGAATAGGACCTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGGACTCGAGGTAATGATTAACAGGGACAGACGGGGGCATTCGTATTACGGTGTTAGAGGTGAAA
XIVI_18s     GGAATAATAGAATAGGACCTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGGACTCGAGGTAATGATTAACAGGGACAGACGGGGGCATTCGTATTACGGTGTTAGAGGTGAAA

[                970       980       990      1000      1010      1020      1030      1040      1050      1060      1070
                   |         |         |         |         |         |         |         |         |         |         |
Contig# 1    TTCTTGGATCGCCGTAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAG]
ACA_18S      TTCTTGGATCGCCGTAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAG
ANLE         TTCTTGGATCGCCGTAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAG
BDIL_18S     TTCTTGGATCGCCGTAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAG
BRPA_18S     TTCTTGGATCGCCGTAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCTTTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAG
BRPE         TTCTTGGATCGCCGTAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAG
CAGR_18s     TTCTTGGATCGCCGTAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAG
CAHO_18s     TTCTTGGATCGCCGTAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAG
CAME_18S     TTCTTGGATCGCCGTAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAG
CAMO_18S     TTCTTGGATCGCCGTAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAG
CAPA_18s     TTCTTGGATCGCCGTAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAG
CAPH_18s     TTCTTGGATCGCCGTAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAG
CEPR         TTCTTGGATCGCCGTAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCANGAATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTTGAAGACGATCAGATACCGTCGTAG
CISA_18s     TTCTTGGATCGCCGTAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAG
CROG_18s     TTCTTGGATCGCCGTAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAG
EOC_18S      TTCTTGGATCGCCGTAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAG
GC2_18S      TTCTTGGATCGCCGTAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCA?AGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAG
HIR_18S      TTCTTGGATCGCCGTAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAG
Lumb_rub18s  TTCTTGGATCGCCGTAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAG
MOBS         TTCTTGGATTgCCGTAAGAC?AACTTCTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAaGTTAGGGGTTCGAAAACGATTAGATACCGTTGTAG
OEMA_18s     TTCTTGGATCGCCGTAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAG
PGEO_18S     TTCTTGGATCACTGTAGGACGAACTACTGCGAAAGCATCTGCCAAGAATGTCCTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAG
PTAN_18S     TTCTTGGATCGCCGTAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAG
SAAT_18S     TTCTTGGATCGCCGTAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAG
TRMA_18s     TTCTTGGATCGCCGTAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAG
Tubifex_18s  TTCTTGGATCGCCGTAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAG
XIFO         TTCTTGGATCGCCGTAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAG
XIVI_18s     TTCTTGGATCGCCGTAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAG

[                  1080      1090      1100      1110      1120      1130      1140      1150      1160      1170       
                      |         |         |         |         |         |         |         |         |         |       
Contig# 1    TTCTGACCATAAACGATGTCAACTAGCGATCCGC?GGGAGTTGTT??TTCATGACCCCGCGGGCAGCCTCCGGGAAACCAAAGTTTTTGGATTCCGGGGGAAGTATG]
ACA_18S      TTCTGACCATAAACGATGCCAACTAGCGATCCGCCGGAAGTTGTT--TCAATGACTCGGCGGGCAGCTTCCGGGAAACCAAAGTTTGTGGGTTCCGGGGGAAGTATG
ANLE         TTCTGACCATAAACGATGTCAACTAGCGATCCGC-GGGAGTTGTA--TTAATGACCCCGCGGGCAGCCTCCGGGAAACCAAAGTTTTTGGATTCCGGGGGAAGTATG
BDIL_18S     TTCTGACCATAAACGATGTCAACTAGCGATCCGC-GGGAGTTGTT--TTCATGACCCCGCGGGCAGCCCCCGGGAAACCAAAGTTTTTGGATTCCGGGGGAAGTATG
BRPA_18S     TTCTGACCATAAACGATGTCAACTAGCGATCCGC-GGGAGTTGTT--TTCATGACCCCGCGGGCAGCTCTTGGGAAACCAAAGTTTTTGGATTCCGGGGGAAGTATG
BRPE         TTCTGACCATAAACGATGTCAACTAGCGATCCGC-GGGAGTTGTT--TTCATGACCCCGCGGGCAGCCCCCGGGAAACCAAAGTTTTTGGATTCCGGGGGAAGTATG
CAGR_18s     TTCTGACCATAAACGATGTCAACTAGCGATCCGC-GGGAGTTGTT--TTCATGACCCCGCGGGCAGCCTCCGGGAAACCAAAGTTTTTGGATTCCGGGGGAAGTATG
CAHO_18s     TTCTGACCATAAACGATGTCAACTAGCGATCCGC-GGGAGTTGTT--TTCATGACCCCGCGGGCAGCCTCCGGGAAACCAAAGTTTTTGGATTCCGGGGGAAGTATG
CAME_18S     TTCTGACCATAAACGATGTCAACTAGCGATCCGC-GGGAGTTGTT--TTCATGACCCCGCGGGCAGCCTCCGGGAAACCAAAGTTTTTGGATTCCGGGGGAAGTATG
CAMO_18S     TTCTGACCATAAACGATGTCAACTAGCGATCCGC-GGGAGTTGTT--TTCATGACCCCGCGGGCAGCCTCCGGGAAACCAAAGTTTTTGGATTCCGGGGGAAGTATG
CAPA_18s     TTCTGACCATAAACGATGTCAACTAGCGATCCGC-GGGAGTTGTT--TTCATGACCCCGCGGGCAGCCTCCGGGAAACCAAAGTTTTTGGATTCCGGGGGAAGTATG
CAPH_18s     TTCTGACCATAAACGATGTCAACTAGCGATCCGC-GGGAGTTGTT--TTCATGACCCCGCGGGCAGCCTCCGGGAAACCAAAGTTTTTGGATTCCGGGGGAAGTATG
CEPR         TTCTGACCATAAACGATGTCAACTAGCGATCCGC-GGGAGTTGTT--TTCATGACCCCGCGGGCAGCCTCCGGGAAACCAAAGTTTTTGGATTCCGGGGGAAGTATG
CISA_18s     TTCTGACCATAAACGATGTCAACTAGCGATCCGC-GGGAGTTGTT--TTCATGACCCCGCGGGCA?CCTTCGGGAAACCAAAGTTTTTGGATTC?GGGGGAAGTATG
CROG_18s     TTCTGACCATAAACGATGTCAACTAGCGATCCGC-GGGAGTTGTT--TTCATGACCCCGCGGGCAGCCTCCGGGAAACCAAAGTTTTTGGATTCCGGGGGAAGTATG
EOC_18S      TTCTGACCATAAACGATGTCGACTGGCGATCCGC-GGGAGTTGTCCTTCTATGACCCCGCGGGCAGCCTCCGGGAAACCAAAGTTTTTGGATTCCGGGGGAAGTATG
GC2_18S      TTCTGACCATAAACGATGTCGACCGGCGATCCGC-GGGAGTTGTC--CGAATGACCCCGCGGGCAGCCTCCGGGAAACCAAAGTTTTTGGATTCCGGGGGAAGTATG
HIR_18S      TTCTGACCATAAACGATGTCGACTGGCGATCCGC-GGGAGTTGAT--CGTACGACCCCGCGGGCAGCCTCCGGGAAACCAAAGTCTTTGGATTCCGGGGGAAGTATG
Lumb_rub18s  TTCTGACCATAAACGATGTCGACTGGCGATCCGC-GGGCGTTGCT--TCTATGACCCCGCGGGCAGCCTTCGGGAAACCAAAGTTTTTGGATTCCGGGGGGAGTATG
MOBS         TTcTgACcaTAAACTATGtCGACTAGcGATCcGc-gGgaGTTGTC--TTcATGACcCCgCgGGCACCTTCCGGGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATG
OEMA_18s     TTCTGACCATAAACGATGTCAACTAGCGATCCGC-GGGAGTTGTT--TTCATGACCCCGCGGGCAGCCTCCGGGAAACCAAAGTTTTTGGATTCCGGGGGAAGTATG
PGEO_18S     TTCTGACCATAAACGATGTCGTCTGACGATCCGT-GGGAGTTGTT--CGTATGACCCCGCGGGCAGTCTCCGGGAAACCAAAGATTTTGGATTCCGGGGGAAGTATG
PTAN_18S     TTCTGACCATAAACGATGTCAACTAGCGATCCGC-GGGAGTTGTT--TTCATGACCCCGCGGGCAGCCTCCGGGAAACCAAAGTTTTTGGATTCCGGGGGAAGTATG
SAAT_18S     TTCTGACCATAAACGATGTCAACTAGCGATCCGC-GGGAGTTGTT--TTCATGACCCCGCGGGCAGCCTTCGGGAAACCAAAGTTTTTGGATTCCGGGGGAAGTATG
TRMA_18s     TTCTGACCATAAACGATGTCAACTAGCGATCCGC-GGGAGTTGTT--TTCATGACCCCGCGGGCAGCCTCCGGGAAACCAAAGTTTTTGGATTCCGGGGGAAGTATG
Tubifex_18s  TTCTGACCATAAACGATGCCAACTGGCGATCCGC-GGGCGTTGAT--CTAATGACCCCGCGGGCAGCCTCCGGGAAACCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGAAGTATG
XIFO         TTCTGACCATAAACGATGTCAACTAGCGATCCGC-GGGAGTTGTA--TTAATGACCCCGCGGGCAGCCTCCGGGAAACCAAAGTTTTTGGATTCCGGGGGAAGTATG
XIVI_18s     TTCTGACCATAAACGATGTCAACTAGCGATCCGC-GGGAGTTGTT--TTCATGACCCCGCGGGCAGCCTTCGGGAAACCAAAGTTTTTGGATTCCGGGGGAAGTATG

[           1180      1190      1200      1210      1220      1230      1240      1250      1260      1270      1280    
               |         |         |         |         |         |         |         |         |         |         |    
Contig# 1    GTTGCAAAACAGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGC]
ACA_18S      GTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCCCCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGT
ANLE         GTTGCAAAACAGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGC
BDIL_18S     GTTGCAAAACAGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGC?CCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGC
BRPA_18S     GTTGCAAAACAGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACTCGGCCCGGACACTGC
BRPE         GTTGCAAAACAGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGC
CAGR_18s     GTTGCAAAACAGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGC
CAHO_18s     GTTGCAAAACAGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGC
CAME_18S     GTTGCAAAACAGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGC
CAMO_18S     GTTGCAAAACAGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGC
CAPA_18s     GTTGCAAAACAGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGC
CAPH_18s     GTTGCAAAACAGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGC
CEPR         GTTGCAAAACAGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGC
CISA_18s     GTTGCAAAACAGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGG?CCGGACACTGC
CROG_18s     GTTGCAAAACAGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGC
EOC_18S      GTTGCAAAGCCGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCAGGACACCGC
GC2_18S      GTTGCAAAGCCGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACCGC
HIR_18S      GTTGCAAAGCCGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGTCCGGACACCGG
Lumb_rub18s  GTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCCGGCCCGGACACTGC
MOBS         GTTGCAAGACTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGATTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACATAGG
OEMA_18s     GTTGCAAAACAGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGC
PGEO_18S     GTTGCAAAGCCGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGT
PTAN_18S     GTTGCAAAACAGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGC
SAAT_18S     GTTGCAAAACAGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGC
TRMA_18s     GTTGCAAAACAGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGA?CCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGC
Tubifex_18s  GTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACCGT
XIFO         GTTGCAAAACAGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGC
XIVI_18s     GTTGCAAAACAGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGC

[              1290      1300      1310      1320      1330      1340      1350      1360      1370      1380      1390 
                  |         |         |         |         |         |         |         |         |         |         | 
Contig# 1    AAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGAC]
ACA_18S      AAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGAC
ANLE         AAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGAC
BDIL_18S     AAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGAC
BRPA_18S     AAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGAC
BRPE         AAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGG-CGTTCTT??????????????????????????????????????????????
CAGR_18s     AAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGAC
CAHO_18s     AAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGAC
CAME_18S     AAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGAC
CAMO_18S     AAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGAC
CAPA_18s     AAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGAC
CAPH_18s     AAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGAC
CEPR         AAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCSTTCTT??????????????????????????????????????????????
CISA_18s     AAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGAC
CROG_18s     AAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGAC
EOC_18S      TAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGAC
GC2_18S      GAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGAC
HIR_18S      AAGGATTGACAGATTGATAGCTCTTTCTTAATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGAC
Lumb_rub18s  AAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGAC
MOBS         AAGGATTGACAGATTGATAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTTTTAGTTGGT?GAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGAC
OEMA_18s     AAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGAC
PGEO_18S     AAGGATTGACAGATTGATAGCTCTTTCTTGATTCAGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTCGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGAC
PTAN_18S     AAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGAC
SAAT_18S     AAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGAC
TRMA_18s     AAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGAC
Tubifex_18s  AAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGAC
XIFO         AAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGAC
XIVI_18s     AAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGAC

[                 1400      1410      1420      1430      1440      1450      1460      1470      1480      1490        
                     |         |         |         |         |         |         |         |         |         |        
Contig# 1    TCTAGCCTGCTAAATAGT----TCGCCGATAG???????CAAC???????????????????????????????????CTGTCGGTGC?AACTTCTTAGAGGGACAAGTGG]
ACA_18S      TCTAGCCTATTAACTAGT----TCGTCGATCC-------TCAT-----------------------------------GCGTCGACGC-AACTTCTTAGAGGGACAAGTGG
ANLE         TCTAGCCTGCTAAATAGT----TCGCCGATAG-------CAAC-----------------------------------CTGTCGGTGC-AACTTCTTAGAGGGACAAGTGG
BDIL_18S     TCTAGCCTGCTAAATAGT----TCGTCGATAG-------CAAT-----------------------------------CTGTCGGCGC-AACTTCTTAGAGGGACAAGTGG
BRPA_18S     TCTAGCCTGCTAAATAGT----TCGCTGATAG-------CAAC-----------------------------------CTATCGGTGC-AACTTCTTAGAGGGACAAGTGG
BRPE         ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
CAGR_18s     TCTAGCCTGCTAAATAGT----TCGCCGATAG-------CAAC-----------------------------------CTGTCGGTGC-AACTTCTTAGAGGGACAAGTGG
CAHO_18s     TCTAGCCTGCTAAATAGT----TCGCCGATAG-------CAAC-----------------------------------CTGTCGGTGC-AACTTCTTAGAGGGACAAGTGG
CAME_18S     TCTAGCCTGCTAAATAGT----TCGCCGATAG-------CAAC-----------------------------------CTGTCGGTGC-AACTTCTTAGAGGGACAAGTGG
CAMO_18S     TCTAGCCTGCTAAATAGT----TCGCCGATAG-------CAAC-----------------------------------CTGTCGGTGC-AACTTCTTAGAGGGACAAGTGG
CAPA_18s     TCTAGCCTGCTAAATAGT----TCGCCGATAG-------CAAT-----------------------------------CTGTCGGTGC-AACTTCTTAGAGGGACAAGTGG
CAPH_18s     TCTAGCCTGCTAAATAGT----TCGCCGATAG-------CAAC-----------------------------------CTGTCGGTGC-AACTTCTTAGAGGGACAAGTGG
CEPR         ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
CISA_18s     TCTAGCCTGCTAAATAGT----TCGTCGATAG-------CAAC-----------------------------------CTGTCGGCGC-AACTTCTTAGAGGGACAAGTGG
CROG_18s     TCTAGCCTGCTAAATAGT----TCGCCGATAG-------CAAC-----------------------------------CTGTTGGTGC-AACTTCTTAGAGGGACAAGTGG
EOC_18S      TCTAGCCTGCTAAATAGT----CCG?CGGTTG-------T-AC-------------TTCAAA--TCTGAA-------GCTACCGACGCTGACTTCTTAGAGGGACAAGTGG
GC2_18S      TCTAGCCTGCTAAATAGT----CCGCCGATCG-------TCTT-----------------------------------GCGTCGGCGCCGACTTCTTAGAGGGACAAGCGG
HIR_18S      TCTAGCCTGCTAAATAGT----CAGCCGGCTGTCAGCCGCAACGTCCTTCGGGGCGTTCGGACGTCTGGAAACAGGCGCTGCCGGTGCAGACTTCTTAGAGGGATGCGTGG
Lumb_rub18s  TCTAGCCTGCTAAATAGT----TCGTCGATGG-------CACT-----------------------------------CTGTCGGCGCTAACTTCTTAGAGGGACAAGTGG
MOBS         CTTAACCTGCTAAATAGC---CCCATCGACTA-------TGG------------------------------------TTGGTGGCTG--GCTTCTTAGAGGGACTATTGG
OEMA_18s     TCTAGCCTGCTAAATAGT----TAACCGATAG-------CAAC-----------------------------------CTGTCGGTGC-AACTTCTTAGAGGGACAAGTGG
PGEO_18S     TCTAACCTACTAAATAGT----CAACCGATTA-------AATT-----------------------------------CTGTCGGTGCCGACTTCTTAGGGGGACAAGCGA
PTAN_18S     TCTAGCCTGCTAAATAGT----TAGCCGATAG-------CAAC-----------------------------------CTGTCGGTGA-AACTTCTTAGAGGGACAAGTGG
SAAT_18S     TCTAGCCTGCTAAATAGT----TCGCCGATAG-------CAAT-----------------------------------CTGTCGGCGC-AACTTCTTAGAGGGACAAGTGG
TRMA_18s     TCTAGCCTGCTAAATAGT----TCGCCGATAG-------CAAC-----------------------------------CTGTCGGTGC-AACTTCTTAGAGGG?CAAGTGG
Tubifex_18s  TCTAGCCTGCTAAATAGT----TCACCGATT--------CACC-----------------------------------GAGTCGGTGTTAACTTCTTAGAGGGACAAGTGG
XIFO         TCTAGCCTGCTAAATAGT----TCGCCGATAG-------CAAC-----------------------------------CTGTCGGTGC-AACTTCTTAGAGGGACAAGTGG
XIVI_18s     TCTAGCCTGCTAAATAGT----TCGCCGATAG-------CAAT-----------------------------------CTGTCGGCGC-AACTTCTTAGAGGGACAAGTGG

[          1500      1510      1520      1530      1540      1550      1560      1570      1580      1590      1600     
              |         |         |         |         |         |         |         |         |         |         |     
Contig# 1    CGTTTAGTCAC?ACGAGATTGAG-CAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGGAATCAGCGTGTGT?TT?CTCCTGAT]
ACA_18S      CGTTTAGCCAC-ACGAAATTGAG-CAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGGAATCAGCGTGTGT-CTAC-CCTGGC
ANLE         CGTTTAGTCAC-ACGAGATTGAG-CAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGGAATCAGCGTGTGT-TT-CTCCTGAT
BDIL_18S     CGTTTAGTCAC-ACGAGATTGAG-CAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGGAATCAGCGTGTGT-TT-TTCCTGAT
BRPA_18S     CGTTTAGTCAC-ACGAGATTGAG-CAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGGAATCAACGTGTGT-TT-CTCCTGAT
BRPE         ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
CAGR_18s     CGTTTAGTCAC-ACGAGATTGAG-CAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGGAATCAGCGTGTGT-TT-CTCCTGAT
CAHO_18s     CGTTTAGTCAC-ACGAGATTGAG-CAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGGAATCAGCGTGTGT-TT-CTCCTGAT
CAME_18S     CGTTTAGTCAC-ACGAGATTGAG-CAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGGAATCAGCGTGTGT-TT-CTCCTGAT
CAMO_18S     CGTTTAGTCAC-ACGAGATTGAG-CAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGGAATCAGCGTGTGT-TT-CTCCTGAT
CAPA_18s     CGTTTAGTCAC-ACGAGATTGAG-CAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGGAATCAGCGTGTGT-TT-CTCCTGAT
CAPH_18s     CGTTTAGTCAC-ACGAGATTGAG-CAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGGAATCAGCGTGTGT-TT-CTCCTGAT
CEPR         ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
CISA_18s     CGTTTAGTCAC-ACGAGATTGAG-CAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGGAATCACCGTGTGT-TT-CTCCTGTT
CROG_18s     CGTTTAGTCAC-ACGAGATTGAG-CAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGGAATCAGCGTGTGT-TT-CTCCTGAT
EOC_18S      CGCTTAGTCAC-ACGAGATTGAG-CAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGGAATCAGCGTGCTTATT-TTCCTGTT
GC2_18S      CGTATAGTCGC-ACGAGATTGAG-CAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGGAATCAGCGTGTCC-TCGCTCCTGGT
HIR_18S      CGTTTAGTCAC-ACGAGATTGAG-CAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGGAATCAGCGTGTTTTTCGTTCCTGCT
Lumb_rub18s  CGTTTAGTCACCACGAGATTGAG-CAATAACAGGTC-GTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGGAGTCAACGTGTCT-GC-TTCCTGAT
MOBS         CTTCCAGCCAATGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACGGAGCCAACGAGTAC-TT-TCCTTG-T
OEMA_18s     CGTTTAGTCAC-ACGAGATTGAG-CAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGGAATCAGCGTGTGT-TT-CTCCTGAT
PGEO_18S     CTTATAGTCGC-ACGAGATTGAG-CAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGGAATCAGCGTGTTT-TCAC-CCTGTT
PTAN_18S     CGTTTAGTCAC-ACGAGATTGAG-CAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGGAATCAGCGTGTGT-TT-CTCCTGAT
SAAT_18S     CGTTTAGTCAC-ACGAGATTGAG-CAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGGAATCAGCGTGTGT-TT-CTCCTGAT
TRMA_18s     CGTTTAGTCAC-ACGAGATTGAG-CAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGGAATCAGCGTGTGT-TT-CTCCTGAT
Tubifex_18s  CGTTTAGCCAC-ACGAGATTGAG-CAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGGAATCAGCGTGTGT-TC-TCCCTGAT
XIFO         CGTTTAGTCAC-ACGAGATTGAG-CAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGGAATCAGCGTGTGT-TT-CTCCTGAT
XIVI_18s     CGTTTAGTCAC-ACGAGATTGAG-CAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGGAATCAGCGTGTGT-TT-CTCCTGAT

[             1610      1620      1630      1640      1650      1660      1670      1680      1690      1700      1710  
                 |         |         |         |         |         |         |         |         |         |         |  
Contig# 1    CCGCAAGGACCGGGTAACCCGTTGAACCTCCTTCGTGCTAGGGATTGGGGCTTGTAATTGTTCCCCATGAACGAGGAATTCCCAGTAAGCGCGAGTCATAAGCTCGC]
ACA_18S      CCGGAAGGGTCGGGGAACCCGTTGAACCTCCTTCGTGCTAGGGATTGGGGCTTGTAATTGTTCCCCATGAACGAGGAATTCCCAGTAAGCGCGAGTCATAAGCTCGC
ANLE         CCGCAAGGACTGGGTAACCCGTTGAACCTCCTTCGTGCTAGGGATTGGGGCTTGTAATTGTTCCCCATGAACGAGGAATTCCCAGTAAGCGCGAGTCATAAGCTCGC
BDIL_18S     CCGCAAGGACCGGGTAACCCGTTGAACCTCCTTCGTGCTAGGGATTGGGGCTTGTAATTGTTCCCCATGAACGAGGAATTCCCAGTAAGCGCGAGTCATAAGCTCGC
BRPA_18S     CCGCAAGGACCGGGTAACCCGCTGAACCTCCTTCGTGCTAGGGATTGGGGCTTGTAATTGTTCCCCATGAACGAGGAATTCCCAGTAAGCGCGAGTCATAAGCTCGC
BRPE         ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
CAGR_18s     CCGCAAGGACCGGGTAACCCGTTGAACCTCCTTCGTGCTAGGGATTGGGGCTTGTAATTGTTCCCCATGAACGAGGAATTCCCAGTAAGCGCGAGTCATAAGCTCGC
CAHO_18s     CCGCAAGGACTGGGTAACCCGTTGAACCTCCTTCGTGCTAGGGATTGGGGCTTGTAATTGTTCCCCATGAACGAGGAATTCCCAGTAAGCGCGAGTCATAAGCTCGC
CAME_18S     CCGCAAGGACCGGGTAACCCGTTGAACCTCCTTCGTGCTAGGGATTGGGGCTTGTAATTGTTCCCCATGAACGAGGAATTCCCAGTAAGCGCGAGTCATAAGCTCGC
CAMO_18S     CCGCAAGGACCGGGTAACCCGTTGAACCTCCTTCGTGCTAGGGATTGGGGCTTGTAATTGTTCCCCATGAACGAGGAATTCCCAGTAAGCGCGAGTCATAAGCTCGC
CAPA_18s     CCGCAAGGACCGGGTAACCCGTTGAACCTCCTTCGTGCTAGGGATTGGGGCTTGTAATTGTTCCCCATGAACGAGGAATTCCCAGTAAGCGCGAGTCATAAGCTCGC
CAPH_18s     CCGCAAGGACTGGGTAACCCGTTGAACCTCCTTCGTGCTAGGGATTGGGGCTTGTAATTGTTCCCCATGAACGAGGAATTCCCAGTAAGCGCGAGTCATAAGCTCGC
CEPR         ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
CISA_18s     CCGCAAGGACTGGGTAACCCGTTGAACCTCCTTCGTGCTAGGGATTGGGGCTTGTAATTGTTCCCCATGAACGAGGAATTCCCAGTAAGCGCGAGTCATAAGCTCGC
CROG_18s     CCGCAAGGACCGGGTAACCCGTTGAACCTCCTTCGTGCTAGGGATTGGGGCTTGTAATTGTTCCCCATGAACGAGGAATTCCCAGTAAGCGCGAGTCATAAGCTCGC
EOC_18S      CCGCGAGGAACGGGTAACCCGCTGAAACTCCTTCGTGCTAGGGATCGGGGCTTGTAATTTTTCCCCGTGAACGAGGAATTCCCAGTAAGCGCGAGTCACTAACTCGC
GC2_18S      CCGCAAGGACCGGGTAACCCGTTGAACCTCCTTCGTGCTAGGGATCGGGGCTTGTAATTCTTCCCCGTGAACGAGGAATTCCCAGTAAGCGCGAGTCATAAGCTCGC
HIR_18S      CCGCGAGGAGTGGGTAACCCGTTGAAACTCCTTCGTGCTAGGGATTGGGGTTTGTAATTTTCCCCCATGAACGAGGAATTCCCAGTAAGCGCGAGTCATAAGCTCGC
Lumb_rub18s  CCGAAAGGACCGGGTAACCCGATGAACTTCCTTCGTGCTAGGGATTGGGGCTTGTAATTCTTCCCCATGAACGAGGAATTCCCAGTAAGCGCGAGTCATAAGCTCGC
MOBS         CCGGAAGGACTGGGTAATCTTGTGAAACTTCGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGTGAGTCATCAGCTCGC
OEMA_18s     CCGCAAGGACCGGGTAACCCGTTGAACCTCCTTCGTGCTAGGGATTGGGGCTTGTAATTGTTCCCCATGAACGAGGAATTCCCAGTAAGCGCGAGTCATAAGCTCGC
PGEO_18S     TCGAGAGATTCGGGTAATCCGTTGAACCTCCTTCGTGCTAGGGATTGGGGCTTGTAATTATTCCCCATGAACGAGGAATTCCCAGTAAGCGCGAGTCATAAACTCGC
PTAN_18S     CCGCAAGGACCGGGTAACCCGTTGAACCTCCTTCGTGCTAGGGATTGGGGCTTGCAATTGTTCCCCATGAACGAGGAATTCCCAGTAAGCGCGAGTCATAAGCTCGC
SAAT_18S     CCGCAAGGACCGGGTAACCCGTTGAACCTCCTTCGTGCTAGGGATTGGGGCTTGTAATTGTTCCCCATGAACGAGGAATTCCCAGTAAGCGCGAGTCATAAGCTCGC
TRMA_18s     CCGCAAGGACCGGGTAACCCGTTGAACCTCCTTCGTGCTAGGGATTGGGGCTTGTAATTGTTCCCCATGAACGAGGAATTCCCAGTAAGCGCGAGTCATAAGCTCGC
Tubifex_18s  CCGTAAGGACCGGGTAACCCGTTGAACCTCCTTCGTGCTAGGGATTGTGGCTTGCAATTATTCCACATGAACGAGGAATTCCCAGTAAGCGCGAGTTATAAGCTCGC
XIFO         CCGCAAGGACTGGGTAACCCGTTGAACCTCCTTCGTGCTAGGGATTGGGGCTTGTAATTGTTCCCCATGAACGAGGAATTCCCAGTAAGCGCGAGTCATAAGCTCGC
XIVI_18s     CCGCAAGGACCGGGTAACCCGTTGAACCTCCTTCGTGCTAGGGATTGGGGCTTGTAATTGTTCCCCATGAACGAGGAATTCCCAGTAAGCGCGAGTCATAAGCTCGC

[                1720      1730      1740      1750      1760      1770      1780      1790      1800      1810         
                    |         |         |         |         |         |         |         |         |         |         
Contig# 1    GTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTTTAGTGAGATCCTCGGATCG?GG--CCCGGCCTGGG?GGAAA-CT?TCGGGT]
ACA_18S      GTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTTAGTGAGATCCTCGGATTG-GT--CCCGGCATGGGGGGAAA-CTCCCGGGC
ANLE         GTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTTTAGTGAGATCCTCGGATCG-GG--CCCGGCCTGGAAGGAAA-CTTTCGGGT
BDIL_18S     GTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTTTAGTGAGATCCTCGGATTG-GG--CCCGGCCTAGAGGGAAA-CCTTCGGGT
BRPA_18S     GTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTTTAGTGAGATCCTCGGATCG-----TCCTGACTGATATAATTAATTATCGGT
BRPE         ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
CAGR_18s     GTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTTTAGTGAGATCCTCGGATCG-G---CCCGGCCTGGAAGGAAA-CTTTCGGGT
CAHO_18s     GTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTTTAGTGAGATCCTCGGATCG-GG--CCCGGCCTGGGAGGAAA-CTCTTGGGT
CAME_18S     GTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTTTAGTGAGATCCTCGGATCG-GG--CCCGGCCTGGGAGGAAA-CTCTTGGGT
CAMO_18S     GTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTTTAGTGAGATCCTCGGATCG-GG--CCCGGCCTGGGAGGAAA-CTTTCGGGT
CAPA_18s     GTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTTTAGTGAGATCCTCGGATCG-GG--CCCGGCCTGGGAGGAAA-CTTTCGGGT
CAPH_18s     GTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGGCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTTTAGTGAGATCCTCGGATCG-GG--CCCGGCCTGGGAGGAAA-CTCTTGGGT
CEPR         ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
CISA_18s     GTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTTTAGTGAGATCCTCGGATTG-GG--CCCGGTCTTGAGGGAAA-CCTTCGGGT
CROG_18s     GTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTTTAGTGAGATCCTCGGATCG-GG--CCCGGCCTGGGAGGAAA-CTCTCGGGT
EOC_18S      GTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGACCGTCGCTACTACCGATCGGATGTTTTAGTGAGGTCTTTGGATCGCGC--CCTCTGCCGCGGTTTTA-GTCTCGGCT
GC2_18S      GTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTTTAGTGAGGTCCTCGGATTG-GA--CCCGTCGCGCGGGGCGA-CTCGCGCGG
HIR_18S      GTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTTTAGTGAGGTCATCGGATCG--AAGGCTCGGCGGGGCTTCAC-GGCCTTGCC
Lumb_rub18s  GTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTTTAGTGAGGTCCTCGGATTG-GA--CCCGCC--GAAGGGCAA-CT-TCGGGT
MOBS         GTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTTAGTGAGCCTTTGGGATTG-GCAGCTTGTACCGGC----AA-C---GGTAG
OEMA_18s     GTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTTTAGTGAGATCCTCGGATCG-GG--CCCGGCCTGGGAGGAAA-CTTTCGGGT
PGEO_18S     GTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTTTAGTGAGGTCCTCAGATTG-GG--CCCGTATTGAAGAGCAA-TCTTCGATG
PTAN_18S     GTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTTTAGTGAGATCCTCGGATCG-GG--CCCGGCCTGGGAGGAAA-CTTTCGGGT
SAAT_18S     GTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTTTAGTGAGATCCTCGGATTG-GG--CCCGGTCTGGTGGGCAA-CCATCGGGT
TRMA_18s     GTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTTTAGTGAGATCCTCGGATCG-GG--CCCGGCCTGTTGGGAAA-CCTTCGGGT
Tubifex_18s  GTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTTTAGTGAGATCCTCGGATTG-GA--CCCGGCGCGGCGGGCAA-CCGTCGTGC
XIFO         GTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTTTAGTGAGATCCTCGGATCG-GG--CCCGGCCTGGAAGGAAA-CTTTCGGGT
XIVI_18s     GTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTTTAGTGAGATCCTCGGATTG-GG--CCCGGTCTGGTGGGCAA-CCATCGGGT

[         1820      1830      1840      1850      1860      1870      1880      1890      1900      1910
             |         |         |         |         |         |         |         |         |         |
Contig# 1    C?GGAGTCCTGAGAAGACGATCAAACTTGATCATCTAGA]
ACA_18S      C-GGTGCGCCGAGAAGTTGCTCGAACTTGATCATTTAGA
ANLE         C-GGAGTCCTGTAAAGACGATCCAACTTGATCATCTAGA
BDIL_18S     C-GGAGTCCTGAGAAGACGATCAAACTTGATCATCTAGA
BRPA_18S     CAAGCTGCTCGAGAAGACGATCAAACTTGATCATCTAGA
BRPE         ???????????????????????????????????????
CAGR_18s     C-GGAGTCCTGAGAAGACGATCAAACTTGATCATCTAGA
CAHO_18s     C-GGAGTCCTGAGAAGACGATCAAACTTGATCATCTAGA
CAME_18S     C-GGAGTCCTGAGAAGACGATCAAACTTGATCATCTAGA
CAMO_18S     C-GGAGTCCTGAGAAGACGATCAAACTTGATCATCTAGA
CAPA_18s     C-GGAGTCCTGAGAAGACGATCAAACTTGATCATCTAGA
CAPH_18s     C-GGAGTCCTGAGAAGACGATCAAACTTGATCATCTAGA
CEPR         ???????????????????????????????????????
CISA_18s     C-GGAGTCCCGAGAAGACGATCAAACTTGATCATCTAGA
CROG_18s     C-GGAGTCCTGAGAAGACGATCAAACTTGATCATCTAGA
EOC_18S      CCGGTTGCGCGAAAAGAAAATCGAACTTGATCATCTA?A
GC2_18S      C-GACGTTCCGAGAAGACGATCGAACTTGATCATCTAGA
HIR_18S      GCGATTCTTTGAGAAGACGATCGAACTTGATCATCTAGA
Lumb_rub18s  C-GGTGATCCGAAAAGACGATCAAACTTGATCATCTAGA
MOBS         C-AGGCCGCTGAAAACTTAGGCAAACTTGGTCATTTAGA
OEMA_18s     C-GGAGTCCTGAGAAGACGATCAAACTTGATCATCTAGA
PGEO_18S     CGGATGTCC-GAGAAGACGATCGAACTTGATCATCTAGA
PTAN_18S     C-GGAGTCCTGAGAAGACGATCAAACTTGATCATCTAGA
SAAT_18S     CCGGAGTCCCGAGAAGACGATCAAACTTGATCATCTAGA
TRMA_18s     C-GGAGTCCTGAGAAGACGATCAAACTTGATCATCTAGA
Tubifex_18s  C-GGTGTTCCGAAAAGACGATCAAACTTGATCATCTAGA
XIFO         C-GGAGTCCTGAAAAGACGATCAAACTTGATCATCTAGA
XIVI_18s     C-GGAGTCCCGAGAAGACGATCAAACTTGATCATCTAGA




[                 10        20        30        40        50        60        70        80        90      
                   |         |         |         |         |         |         |         |         |      
Contig#   GCTTGATCAGC?ATAGTAGGAACHGCTATAAGAGT?ATTATTCGAATAGAATTAGCTCAACCAGGA]
ACA_COI   GCATGAGCTGGGATCCTAGGCACAGCTCTAAGCCTCCTTATTCGAGCCGAGCTGGGCCAGCCAGGC
ANLE      AGTGgaTcAgCTATAGTAGGAACATcaATAAGAGTAATTATTCGAATAGAGCTTGCTCAACCAGGA
BDIL_COI  GCTTGATCATGCATAGTAGGAACTGCTATAAGAGTAATTATTCGAATAGAATTAGCACAACCAGGA
BRPA_COI  GCATGATCAGCATTACTAGGAACTGCTATAAGAGTAATTATTCGAATAGAGTTAGCCCAACCAGGG
BRPE      GCCTGATCTGCTATACTAGGAACTTCTATAAGAGTTATTATTCGAATAGAACTAGCTCAACCTGGT
CAGR_COI  ?????????????????????????CACTAAGAATTATTATTCGGATAGAGCTTGCTCAACCTGGA
caho      GCCTGGTCTGCCATGGTAGGCACCTCTATGAGAGTAATCATTCGTATAGAGTTAGCCCAACCAGGA
CAME_COI  GCTTGATCAGCTATAGT?GGCACATCTATAAGGGTTATTATCCGAATAGAACTGGCACAACCAGGG
CAMO_COI  GCTTGATCAGCCATAGTAGGAACTTCTATAAGAGTGATTATTCGAATAGAGCTTGCTCAACCAGGA
CAPA_COI  GCTTGATCAGCTATAGTTGGAACTTCAATAAGAGTAATTATTCGAATAGAATTAGCTCAACCAGGA
CAPH_COI  GCCTGGTCTGCCATGGTAGGCACCTCTATAAGAGTAATCATTCGTATAGAGTTAGCCCAACCAGGA
CEPR      ???AGCaTGCaTAtAGTaGGAACCGCTATAAGAGTTATTATTCGTATCGAatTAGCTCAACCAGGa
CISA_lcO  ????????????ATGGTAGGAACAGCTATAAGGGTAATTATTCGAATAGAACTAGC?CAACCAGGA
CROG_COI  GCCTGATCAGCTATAGTAGGAACTTCAATAAGAGTAATTATTCGTATAGAATTAGCTCAACCAGGA
EOC_COI   ACATGATCAGCCATAGCTGGTACAGGTATAAGGGTATTAATTCGAATTGAATTAGCACAACCTGGT
GC2_co1   GCTTGAGCTGCCATAGTAGGAACTGCAATAAGAATTATTATTCGAATTGAGTTAGCTCAACCAGGA
HIR_COI   GCTTGAGCTGCTATATTAGGATCCTCTATAAGTACTATTATTCGGATTGAATTATCTCAGCCAGGT
LUMBRICU  GTATGGGCTGGCATGGTGGGAGCCGGAATAAGACTTCTTATCCGTATTGAGCTAAGACAACCTGGT
MOBS      ??????????????????????????????????????????????TCAACATATCATAACCAGAT                                      
OEMA_COI  GCGTGATCAGCAATAGTTGGAACTTCTATAAGAGTTATCATTCGAATAGAGCTTGCTCAACCAGGA
PGEO_co1  GCTTGAGCAGCAATATTAGGAACTTCAATAAGATTTATTATTCGATCTGAATTATCACAACCAGGT
PTAN_COI  GCCTGATCAGCAATAGTAGGAACCTCTATAAGAGTAATTATTCGAATAGAGTTAGCTCAACCTGGA
SAAT_COI  GCTTGATCAGGTATAGTAGGAACTGCTATAAGAATTATCATTCGAATAGAACTAGCTCAACCTGGT
TRMA_COI  GCATGATCAGCTATAGTTGGAACAGCTATAAGAGTTATAATGCGGATAGAATTAGCTCAACCTGGA
Tubifex   ATTTGAGCAGGTATAGTTGGCACCGGAACAAGTCTACTGATTCGTCTAGAACTAGCTCAACCTGGC
XIFO2_co  CATGCATATAAGATAGTTGCGGCAACAAATCATAATAGATACGGGTGCGACTTAGCACAACCGGGG
XIVI_COI  GCTTGATCAGGCATAGTAGGAACCGCTATAAGAATTATTATTCGAATAGAGTTAGCTCAACCTGGA

[          100       110       120       130       140       150       160       170       180       190  
             |         |         |         |         |         |         |         |         |         |  
Contig#   TCATT?CTHVAAAATVG?CAA?TATATAACTCHTTAATTAC?GCTCATGGATTAATTATAATTTTTTTTATAGTAATACCTATTTTAATTGGAGG?]
ACA_COI   AACCTTCTAGGTAACGACCACATCTACAACGTTATCGTCACAGCCCATGCATTTGTAATAATCTTCTTCATAGTAATACCCATCATAATCGGAGGC
ANLE      TCTATACTTCAAAATAGACAAGTATATAATTCTTTAATTACTGCTCATGG?TTAATTATAATTTTCTTTGTAGTAATGCCTATTTTAATTGGTGGA
BDIL_COI  TCATTACTTAATGACAGTCACCTATATAATACATTAATTACTGCTCATGGATTAATTATAATTTTTTTTATGTTAATGCCTATTTTAATTGGTGGT
BRPA_COI  TCTTTGCTTAACAATCGGCAGCTATATCACTTATTAATTACAGCACATGGATTAGTTATAATTTTTCTTATTGGAATGCCTATTTTAATTGGAGGG
BRPE      TCTTTATTAAATAATAGCCAACTATATAACTCACTAATCACTGCTCATGGATTAGTTATAATTTTCTTTATAGTAATACCTATTTTAATTGGGGGT
CAGR_COI  TCCTTACTTCAAGACAGCCAACTTTATAATTCTATAATTACCGCTCACGGATTAATTATAATTTTTTTCATGGTAATACCTATTTTAATTGGAGGT
caho      TCTTTATTACAAGATAGGCAACTATATAACTCCTTAATTACTGCTCACGGTTTAATTATAATTTTTTTTATAGTAATACCAATTTTAATCGGGGGT
CAME_COI  TCATTACTTCAAGACAGGCAACTATATAACTCTTTAATTACCGCACATGGGTTAATTATAATTTTTTTTATAGTAATACCTATTCTAATTGGTGGT
CAMO_COI  TCCTTGCTTCAAGATAGACAACTATACAACTCTCTAATTACTGCACATGGGTTAATTATAATTTTTTTTATAGTTATGCCTATTTTAATTGGAGGG
CAPA_COI  TCATTATTAAATGATAGACAATTATATAATTCATTAATTACTGCTCATGGATTAATTATAATTTTTTTTATAGTAATGCCCATCTTAATTGGAGGT
CAPH_COI  TCTTTATTACAAGATAGGCAACTATATAACTCCTTAATTACTGCTCACGGTTTAATTATAATTTTTTTTATAGTAATACCAATTTTAATCGGGGGT
CEPR      TCATTatTAaATaACaatCAATTATATAACTGCATAATTACtGCTCAtGGATTAATtATAATTTTTTTaATrGTAtTaCCtATTTAAATTGGaGGT
CISA_lcO  TCTATGCTAAATAAT??ACAACTATATAACTGTATAATTAC?GCTCATGGATTA?TCATAATTTTTTTTATAGTAATACCTATTCTAATTGGAGGA
CROG_COI  TCTTTACTTAATGATAGTCAATTGTATAATTCATTAATTACTGCTCATGGGTTAATTATAATTTTTTTTATAGTAATACCTATTTTAATTGGGGGG
EOC_COI   ACATTCCTAGGGAACGACCAAATTTATAACACTATTGTAACCGCTCATGGGTTAGTAATAATTTTTTTTATAGTAATACCTATTTTAATTGGAGGT
GC2_co1   TCATTTTTAAATAATGATCAACTATATAATTGTATTATTACTGCTCACGGATTAATTATAATTTTCTTCATAGTTATACCAATTTTAATTGGTGGA
HIR_COI   AGTTTTCTTGGTGATGATCAACTTTATAATTCCTTGATTACTGCACATGGACTTATTATAATTTTTTTTATGGTAATACCTATTTTGAATTGAGGT
LUMBRICU  GCATTCCTAGGAAGTGACCAATTATACAATACAATCGTTACTGCGCAC???TTTGTTATAATTTTCTTCCTAGTGATACCAGTCTTCATTGGCGGG
MOBS      TGGTCATCAGAACATGATCATATATATAACTGTATAATTACAGCTCATGGATTAATTATAATTGTTTTCATAGTTATACCTATCTTAATTGGTGGA
OEMA_COI  TCACTACTTCAAGATAGGCAATTATATAATTCATTAATCACGGCTCATGGATTAATCATAATTTTCTTCATAGTAATACCTATTTTAATTGGAGGT
PGEO_co1  AGATTAATTGAAAATGATCAAATTTATAATTCTATAATTACAGCTCATGGTTTAATTATAATTTTTTTTATAGTAATACCTATTTTAATTGGTGGT
PTAN_COI  TCCTTATTAGCAGATAGACAAGTATATAACTCATTAATTACTGCCCATGGGTTAATTATAATTTTCTTCATAGTAATACCAATTTTAATTGGGGGT
SAAT_COI  TCACTTCTTCAAAACAGACAACTATATAATTCATTAATTACAGCTCACGGCTTAATTATAATTTTTTTTATAGTTATACCTATCTTAATTGGAGGA
TRMA_COI  TCATTATTAAATAACGGCCAGTTATATAACTCATTAATTACAGCACATGGATTAATTATAATTTTTTTTGTAGTAATACCTATTTTAATTGGAGGA
Tubifex   TCTTTCCTCGGCAGCGACCAATTATATAACACATTAGTTACAGCACATGCATTCCTTATAATCTTCTTTATGGTAATACCTATTTACATTGGGGGA
XIFO2_co  TCATTTTTAGAAAATGATCAGATATATAACTGTATAATTACAGCTCATGGATTAATTATAATTCTTTTCATAGTTATACCTATCTTAATTGGAGGA
XIVI_COI  TCACTTCTTCAAAACAGGCAACTATACAACTCCTTAATTACAGCTCATGGATTAATTATAATTTTTTTTATAGTAATACCTATCTTAATTGGAGGT

[              200       210       220       230       240       250       260       270       280        
                 |         |         |         |         |         |         |         |         |       
Contig#   TTTGGAAATTGATTA?T?CCATTAATAHTAGG??CACCHGATATAGC?TTCCC?CGATTAAATAATTTAAGATTTTGACT?TTACCHBC?TCTATT]
ACA_COI   TTTGGCAACTGACTAATTCCCCTAATAATCGGTGCCCCCGATATGGCGTTTCCCCGCATAAACAACATAAGCTTCTGACACTTACCTCCCTCTCTC
ANLE      TTTGGAAACTGACTTTTACCTCTTATACTAGGAACACCTGATATAGCTTT?CCACGATTAAATAATTTAAGATTTTGATTACTACCATCATCAATC
BDIL_COI  TTTGGAAACTGATTATTACCATTAATATTAGGTTCACCTGATATAGCATTCCCACGATTAAATAATTTAAGATTTTGACTATTACCTGCATCAATC
BRPA_COI  TTTGGAAACTGGCTTCTTCCTTTAATATTAGGAAGACCTGACATAGAATTCCTTCAATTAAATAATTTAAGATTTTGATTACTACCATCCTCAATT
BRPE      TTTGGAAATTGACTATTACCATTAATACTAGGGAGACCCGACATAGCTTTCCCACGATTAAATAACTTAAGATTTTGATTACTACCATCATCTATT
CAGR_COI  TTTGGTAATTGATTACTCCCGCTAATATTAGGGGCACCAGACATAGCATTCCCACGTTTAAATAATTTAAGCTTTTGACTCCTTCCTGCTTCTATT
caho      TTTGGTAACTGATTACTGCCTTTAATATTAGGGGCCCCTGATATAGCCTTCCCTCGACTTAATAATTTAAGATTTTGACTTCTTCCAGCCTCTATT
CAME_COI  TTTGGTAATTGATTACTTCCATTAATACTAGGTACCCCCGATATAGCCTTCCCCCGATTAAATAATTTAAGCTTCTGACTATTGCCAGCTTCAATT
CAMO_COI  TTTGGAAATTGACTTCTACCATTAATACTAGGGTCCCCAGATATAGCATTCCCTCGACTAAATAATTTAAGATTTTGGCTTTTACCTGCTTCTATT
CAPA_COI  TTTGGAAATTGATTATTACCGCTAATATTAGGAACACCTGATATAGCTTTCCCACGATTAAACAATTTAAGATTTTGATTACTTCCAGCATCTATT
CAPH_COI  TTTGGTAACTGATTACTGCCTTTAATATTAGGGGCCCCTGATATAGCCTTCCCTCGACTTAATAATTTAAGATTTTGACTTCTTCCAGCCTCTATT
CEPR      TTtGGAAtTtGATTaaTtCCaTtAaTATTaGGaGCgcCaGACtTaGcATttC????????????????????????????????????????????
CISA_lcO  TTTGGAAATTGACTGCTACCATTAATATTAGGAGCACCCGACATAGCATTTCCTCGATTAAATAATTTAAGATTCTGATTATTACCATCATCTATA
CROG_COI  TTTGGAAATTGACTTTTACCACTTATATTAGGAACCCCTGATATAGCTTTCCCTCGATTAAATAACTTAAGATTTTGACTACTTCCAGCTTCTATT
EOC_COI   TTTGGAAATTGGTTAATTCCATTAATAATTGGTGCCCCAGATATAGCCTTTCCTCGACTTAATAATCTAAGATTTTGACTGTTACCTCCGTCAATA
GC2_co1   TTTGGAAATTGATTAATTCCTTTAATATTAGGAGCACCAGATATAGCATTTCCACGATTAAATAATCTAAGGTTTTGACTATTACCTCCATCAATA
HIR_COI   TTTGGAAATTGACTTTTACCATTAATAATTGGTCGCCATGATATAGCCTTTCCTCGTCTTAATATTTTAAGGTTTTGATTACTTCCACCATCATTC
LUMBRICU  TTTGGGAACTGACTTCTTCCCCTAATACTGGGCGCTCCTGATATAGCATTCCCACGCCTTAATAACATAAGATTTTGACTTCTACCCCCCTCTCTT
MOBS      TTTGGTAATTGATTAATTCCATTAATAATTGGAGCACCAGACATAGCATTTCCCCGATTAAATAATCTAGGGTTCTGACTGTTACCACCATCTATA
OEMA_COI  TTTGGAAACTGACTTCTCCCATTAATACTAGGAACTCCAGATATAGCTTTTCCTCGATTAAATAACTTGAGATTTTGACTTTTACCAGCATCTATT
PGEO_co1  TTTGGAAATTGATTAATCCCATTAATAATTGGTGCCCCAGATATAGCCTTTCCTCGACTTAATAATTTAAGATTTTGATTATTACCACCATCTTTA
PTAN_COI  TTTGGTAATTGATTGTTACCTTTAATATTAGGGACACCTGACATGGCTTTCCCTCGATTAAATAACTTAAGGTTTTGACTCCTCCCTGCGTCAATT
SAAT_COI  TTTGGAAATTGATTGCTACCTTTAATACTAGGAACACCAGATATAGCTTTCCCTCGATTAAATAATTTAAGCTTTTGATTATTACCTTCCTCAATT
TRMA_COI  TTTGGTAATTGACTATTACCATTAATATTAGGGTCACCAGATATAGCATTCCC?CGATTAAATAATTTAAGATTTTGACTT?TACCTTCATCACTT
Tubifex   TTCGGAAATTGACTAGTCCCACTAATACTGGGGGCACCAGACATAGCATTCCCACGACTAAATAATCTTAGATTTTGACTTCTACCCCCCTCCCTA
XIFO2_co  TTTGGTAATTGATTAATTCCATTAATAATTGGAGCACCAGACATAGCATTTCCCCGATTAAATAATCTTAGGTTTTGATTGTTACCACCATCTATA
XIVI_COI  TTCGGAAACTGATTATTACCTTTAATATTAGGAACACCTGATATAGCTTTTCCCCGACTTAATAATTTAAGATTTTGATTATTACCCTCCTCAATT

[        290       300       310       320       330       340       350       360       370       380    
           |         |         |         |         |         |         |         |         |         |    
Contig#   ATT?TACTAGT?TCATCTGCTTTAGTDGAATC?GG?GT?GGAGCAGG?TGAACAGTATA?CC?CCATTATC?GC??TTCC?GCTCATGAA?GGACC]
ACA_COI   CTACTCCTGCTCGCATCTGCTATTCTGGAAGCCGGAACAGGAACATGTGGAATAGTTTATCCTCTCTTAGGAGGGAATTACTCTCACCCTGTATC
ANLE      TCTCTTCTAATTGCATCTGCATTAATTGAATCAGGAGTAGGTGGAGGATGAACAATCTACCCTCCTTTATCAGCAATTCCAGCTCACGT?GGACC
BDIL_COI  ACTATACTTGTACTTTCAGCATTAACAGAATCAGGTGTAGGTGCAGGATGAACTATCTACCCTCCGTTGTCTTCTCTTCCATTTCATGAAGGCCC
BRPA_COI  TTTATACTAACTTGTTCAGCTCTAGTGGAATCAGGAGTAGGAGGGGGTTGAACACTATACCCCCCATTATCCGCTTTACCAGCTCATGAAGGACC
BRPE      ATCCTTTTAATCAGATCTGCTTTAATTGAATCTGGGGTAGGAGGAGGCTGAACTTTATACCCTCCTTTATCAGCTCTACCAGCCCATGAAGGACC
CAGR_COI  ACCCT?CTAGCCTCCTCTGCTTTAATTGAATCAGGGGTTGGAGCCGGATGAACAGTATACCCCCCACTCTCAGCACTGCCCGCTCATGAAGGGCC
caho      ACATTGCTAGCATCTTCTGCTTTAATTGAATCCGGCGTAGGAGCAGGGTGGACAGTATACCCACCCTTATCAGCTTTGCCGGCACATGAAGGTCC
CAME_COI  ACTTTATTAGCCTCTTCTGCATTAATTGAATCCGGTGTTGGAGCAGGCTGAACCGTATACCCTCCATTATCCGCACTTCCTGCTCATGAAGGCCC
CAMO_COI  ACTATGTTAGCATCTTCTGCATTAATTGAATCCGGAGTCGGAGCAGGGTGAACAGTATATCCCCCATTATCTGCACTACCTGCTCATGAAGGACC
CAPA_COI  ACACTTCTAGCTTCATCTGCATTAATTGAATCTGGTGTTGGAGCAGGGTGAACTGTGTATCCTCCATTATCTGCATTACCTTATCATGAAGGACC
CAPH_COI  ACATTGCTAGCATCTTCTGCTTTAATTGAATCCGGCGTAGGAGCAGGGTGGACAGTATACCCACCCTTATCAGCTTTGCCGGCACATGAAGGTCC
CEPR      ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
CISA_lcO  ATAGTATTAATATGCTCAGCTTTAGTAGAATCAGGAGTCGGAGCTGGTTGGACAG????????????????????????????????????????
CROG_COI  ACTCTTTTAGCTTCATCAGCTTTAATTGAATCTGGAGTTGGAGCAGGCTGAACTGTATACCCTCCCCTTTCTGCTCTTCCTTCTCATGAAGGGCC
EOC_COI   ATTATACTAGTTTTCTCTGCATTTGTAGAAAATGGTGTGGGGACTGGATGAACAGTATATCCTCCATTAGCATATAATATTGCCCATTCTGGACC
GC2_co1   ATTTTATTAGTTACTTCTGCCTTAGTAGAAAAAGGTGTAGGAACAGGATGAACAGTTTATCCTCCATTAGCTGCAAATTTAGCTCATTCTGGGCC
HIR_COI   CAACTATATTGGCAAGTTCATGCAATAGGAAAAGGTGTTGGTACAGGATGAACTATAT??CCACCATTAGCGAAGTAGTAGTGCGCATTCGGACC
LUMBRICU  ATTCTCCTAGTTTCCTCAGCTGCCGTAGAGAAGGGAGCCGGAACAGGCTGAACAGTGTACCCCCCTCTTGCCAGAAATCTCGCCCATGCTGGGCC
MOBS      ATTTTATTAGTTACATGTGCTTTAGTAGAAAAAGGGGGTAGGACCAGGATGACAGTtTATCCACCTCTCGCTAGGAATATTGCTCACGCTGGACC
OEMA_COI  ACACTACTAGCATCTTCAGCTTTAATTGAATCCGGTGTAGGAGCAGGGTGAACAGTATACCCCCCATTATCAGCCCTACCGGCTCACGAAGGACC
PGEO_co1  ATTATACTTTTAATATCTGCAATAGTAGAAAGTGGTGTAGGCACTGGATGAACAGTATATCCACCATTATCATCAAACATGGCTCACTCAGGTCC
PTAN_COI  ACTTTACTAATTTCATCTGCATTAATTGAAACCGGGGTTGGTGCAGGGTGGACAATTTACCCACCATTATCTGCGCTACCTGCTCACGAAGGACC
SAAT_COI  ATTTTACTAATCTCATCCGCATTAGTAGAATCAGGAGTAGGGAGAGGTTGAACTCTATATCCTCCATTAGCTAGACTTCCAGCTCATGAAGGGCC
TRMA_COI  ATTATATTATCTTCATCTGCATTAGTTGAATCAGGAGTTGGAGCAGGGTGAACTGTATATCCTCCATTATCTGCCATTCCATATCATGAAGGGCC
Tubifex   ATTCTACTTGTATCATCTGCTGCAGTGGAAAAAGGAGCTGGAACAGGGTGAACTGTCTACCCACCACTAGCCAGTAACTTAGCACACTCTGGACC
XIFO2_co  ATTGTATTAGTTACATCTGCTTTAGTAGAAAAGGGGGTAGGAACAGGATGAACAGTTTATCCACCTCTCGCTAGGAATATTGCTCACGCTGGACC
XIVI_COI  ATTTTATTAATTTCATCTGCTTTAGTGGAATCTGGGGTAGGAAGAGGTTGAACTTTATATCCACCATTAGCTAGACTTCCAGCTCATGAAGGACC

[            390       400       410       420       430       440       450       460       470       480
               |         |         |         |         |         |         |         |         |         |
Contig#   ?TCTGT?GATTTAGCTATTTTTTC?TTACATTTAGCAGG?GCTTC?TCTATTTTAGG?GC?TTAAATTTTATAACTACTGT?ATAAATATACGATG]
ACA_COI   CTCCGTAGACTTAGCTACTTCTTCCTTACACTTAGCAGGTGTTTCCGCTATTTTATCAGCCCTGAACTTTATAACTACAGTGATAAACATACGATG
ANLE      ATCCGTGGAT?TAGCCATGTGTTTCATTCATTTATTTTTAGCTTCTTCAATTTTAGGCTCTTTAAACTTTATAACTACTGTAATAAATATACGTTG
BDIL_COI  TTCTATTGATTTAGCAATTTTTTCTTTACACTTAGCAGGTGCTTCTTCTATTCTAGGTTCACTAAATTTTATAACTACAGTTATAAATATACGTAG
BRPA_COI  ATCCGTAGACTTAGCAATTTTTTCATTACATCTAGCTGGTGCGTCTTCTATTTTAGGAGCCTTAAATTTCATAACTACTTTTATAAATATGCGGTG
BRPE      TTCAGTTGATCTTGCTATTT-TTCTATTCATCTTGCTGGAGCCTCTTCAATTTTAGGGGCaTTAAACTTTATAACAACTTTTATAAATATGCGATG
CAGR_COI  CTCTGTTGATTTAGCTATTTTCTCTTTACATTTAGCAGGAGCCTCCTCCATTTTAGGTGCCTTAAACTTTATAACTACCGTTATAAATATACGATG
caho      ATCTGTTGATTTAGCTATCTTTTCCCTTCATCTTGCAGGAGCTTCATCTATTTTAGGAGCTTTAAATTTTATAACTACCGtCATAAATATGCGTTG
CAME_COI  CTCAGTAGATTTAGCAATTTTCTCGCTACACTTGGCAGGAGCCTCTTCCATTCTAGGAGCTTTAAACTTTATAACAACTGTAATAAATATACGATG
CAMO_COI  TTCTGTTGATTTAGCAATTTTTTCTTTACATTTAGCAGGGGCCTCTTCAATTTTAGGAGCCTTAAATTTTATAACAACAGTAATAAACATACGATG
CAPA_COI  TTCTGTTGATTTAGCTATCTTTTCATTACACTTAGCAGGGGCTTCATCTATTTTAGGAGCTTTAAACTTTATAACCACTGTTATAAACATACGATG
CAPH_COI  ATCTGTTGATTTAGCTATCTTTTCCCTTCATCTTGCAGGAGCTTCATCTATTTTAGGAGCTTTAAATTTTATAACTACCGTCATAAATATGCGTTG
CEPR      ?????????????????tttTTCTATtaCATTTAGCaGGtGCTTCTTCTATTtTAGGaTCaTTAaAtTTtATAACaACaATTATTAAtATACGATG
CISA_lcO  ????????????????????????????????????????????????????????????????AATTTTA?TA?TGCT?TTATTAATATACGATG
CROG_COI  TTCTGTTGATTTAGCTATTTTTTCTTTACATTTAGCAGGGGCCTCCTCTATTTTAGGAGCATTAAATTTTATAACCACAATTATAAATATACGATG
EOC_COI   ATCAGTAGATATAGCTATTTTCTCATTACACTTAGCAGGAGCTTCATCTATTTTAGGCTCATTAAATTTTATTTCTACTGTAGCAAATATACGATG
GC2_co1   ATCAGTAGATTTAGCTATTTTTTCTTTACATTTAGCAGGTGCTTCATCTATTCTAGGCTCATTAAATTTTATTACTACTATTATTAATATGCGGTG
HIR_COI   ATGTGTTGATATAGCTACCCCCATCACATATATAGCTGGTGCATCTTCTATTTCAGGATCTTCCAATTTCATTCACTATGTTATCAATATACGAAC
LUMBRICU  ATCTGTAGATTTAGCTATTTTTTCCCTTCATTTAGCAGGTGCGTCATCTATTCTAGGGGCTATTAATTTTATTACCACTGTAATCAACATACGCTG
MOBS      ATCTGTGGACCTAGCCATCTTTTCCTTACATCTAGCTGGAGCTTCATCCATTTTAGGCTCTTTAAACTTTATAACTACTGTATTAAATATACGTTG
OEMA_COI  TTCAGTTGATTTAGCAATTTTTTCTCTTCATTTAGCAGGTGCTAGATCTATTTTAGGGGCTTTAAATTTTATGACTACAGTAATGAATATACGATG
PGEO_co1  TTCTGTAGATTTAGCTATTTTTTCATTACATCTAGCTGGTATTTCATCTATTTTAGGAGCATTAAATTTTATTACAACAGTAATTAATATGCGTTG
PTAN_COI  ATCTGTTGATTTAGCTATTTTTTCTCTCCATTTAGCAGGGGCTAGATCAATTCTAGGTGCATTAAACTTTATAACCACAGTTATAAATATACGATG
SAAT_COI  TTCTGTAGACCTTGCTATTTTCTCAATTCATTTAGCTGGAGCTTCTTCAATTTTAGGTGCTTTAAACTTTATAACCACAGTAATAAATATACGATG
TRMA_COI  ATCAGT?GATTTAGCAATTTTTTCTTTACATTTAGCAGGAGCTTCTTCAATTTTAGGAGCCTTAAA?TTTATCACTACTGTTATAAATATACGATG
Tubifex   CTCAGTAGACTTAGCAATCTTCTCACTACACTTAGCTGGTGTAGCCTCAATTCTAGGTGCCATTAACTTCATCACTACAATAATTAATATACGTTG
XIFO2_co  ATCTGTGGACCTAGCCATCTTTTACTTACATCTAGCTGGAGCTTCATCCATTTTAGGCTCTTTAAACTTTATAACTACTGTATTAAATATACGTTG
XIVI_COI  CTCTGTCGACCTTGCTATTTTCTCAATTCATTTAGCCGGAGCTTCTTCAATTCTAGGGGCTTTAAATTTTATGACAACTGTAATAAATATACGATG

[                490       500       510       520       530       540       550       560       570      
                   |         |         |         |         |         |         |         |         |      
Contig#   A?TAGG?ATA?CATTAGATAAAAT?CCHTTATTTGTATGAGCAACATTTATTACAGTAATTATACTATTACTATC?TTACCTGTATTAGCHGGAG?]
ACA_COI   ATTAGGCAGAAAGTCAGACCAAATGCCCATATTCGTCTGATCA-TCGTAATCA-AGCAGTACCACTTTACCTATCTCTCCC?GTCCTAGCTGCTG
ANLE      ATTAAGAATATCATTAGATAGAATTCCATTATTTGTATGAGCAGCATTTATTACTGTtatTaTattatTATTaTCCttAcCaGTattAgCaGgaG
BDIL_COI  ATCAGGAATAACTTTAGATAAGACTCCATTATTTGTTTGAGCAACCTTTATTACTGTAATTATATTACTATTATCCTTACCAGTATTTGCTGGTG
BRPA_COI  ACTAGGAATATCCCTTGATAAAATCCCTTTATTCGTATGAGCAACTTTTATTACTGTCATTATACTTCTATTATCCTTACCTGTTCTTGCTGGAG
BRPE      AATGGGTATATCTtTAGATAAAATCCCTTTATTCGTCTGAGCAACATTTATTACTGTAATTATATTACTATTGTCCTTACCTGTACTAGCAGGAG
CAGR_COI  ACTGGGAATATCTTTAGATAAAATCCCATTATTTGTATGAGCAACATTTATTACAGTTATTATATTGCTACTTTCACTACCTGTACTAGCAGGAG
caho      ACTAGGAATATCCTTAGATAAAATCCCTTTATTTGTATGGGCAACATTTATCACTGtAATTATACTTCTGCTATCTCTGCCTGTATTAGCCGGAG
CAME_COI  AATTGGGATATCTTTAGATAAAATTCCTTTATTTGTATGAGCTACATT?ATTACAGTAATTATACTTCTTCTTTCATTACCTGTATTAGCAGGAG
CAMO_COI  AATTGGTATATCTTTAGATAAAATTCCATTATTCGTATGAGCTACATTTATTACAGTAATTATACTATTACTATCATTACCTGTACTAGCAGGAG
CAPA_COI  ATTAGGTATATCTCTTGATAAAATTCCATTATTTGTATGAGGTACATTTATTACAGTAATTATATTATTATTATCATTACCTGTATTTGCTGGTG
CAPH_COI  ACTAGGAATATCCTTAGATAAAATCCCTTTATTTGTATGGGCAACATTTATCACTGTAATTATACTTCTGCTATCTCTGCCTGTATTAGCCGGAG
CEPR      ACAAGGTATaaCATTAGATCGtttACCTTTATTTATTTGaGCTGTaTTTATTACAGTTATTaTACTAcTAtTATCAtTACCTGTATTAGCAGgaG
CISA_lcO  ACTAGGTATAACATTAGACGAAAT?CCTTTATTTGTATGGGCTGCATTTAGTACAGTTATTCTACTACTATTATCATTACCTGTATTAGCAGGAG
CROG_COI  GTTAGGAATATCTCTTGATAAAATCCCCTTATTTGTATGAGCAACCTTTATTACAGTAATTATATTATTATTGTCCTTACCTGTTTTTGCTGGTG
EOC_COI   AAAAGGTATATCATTAGATCGAGTGCCTTTATTTATTTGATCAGTAGTTATTACCACAGTACTACTATTATTATCCTTACCAGTTTTAGCAGCTG
GC2_co1   ACAAGGAATAACATTAGAACGAATACCTTTATTTATTTGAGCTGTATTTATTACAGTTATTTTATTATTATTATCATTACCTGTATTAGCCGCTG
HIR_COI   TAAGGGTATAGGAAATGAACGAGTTCCATTATTCGTTTGATCTGTAGTAATTACTACTATTTCATTATTACTTTCGTTACCGGTGTTAGCAGCAG
LUMBRICU  AAGTGGGTTACGACTAGAACGAATCCCTCTGTTTGTCTGAGCTGTATTAATTACAGTAGTTCTCCTCCTCCTATCCCTTCCTGTACTTGCCGGAG
MOBS      ACAAGGTATACAAATTGA?CGTCTTCCATTATTCGTTTGAGCAGTATTTATCACAGTAATTTTACTATTACCTTCCCTCCCAGTTTTAGCTGCTG
OEMA_COI  AATTGGAATATCTTTAGATAAAATTCCTTTATTTGTATGAGCTACATTTATTACAGTAATTATACTATTACTATCTCTTCCAGTATTAGCAGGAG
PGEO_co1  AGAGGGTATAAAATTAGAACGTTTACCACTATTTGTATGATCAGTTTTAATTACTGTTGTATTATTATTATTATCTTTGCCTGTATTAGCAGCAG
PTAN_COI  AATTGGCATATCATTAGATAAAATCCCTTTATTTGTATGGGCCACATTTATTACTGTAATTATACTACTTTTATCGCTGCCAGTGCTAGCTGGAG
SAAT_COI  GAATGGAATAACATTAGATAAAATTCCTTTATTCGTATGAGCTACCTTTATTACAGTAATTATACTTCTTCTTTCTTTACCTGTATTAGCTGGTG
TRMA_COI  ATTAGGTATAACATTAGATC??GTACCATTATTCGTATGAGCA?CTTTTATTACAGTAATCATACTTTTACTATCTTTACCAGTATTTGCAGGAG
Tubifex   AAAAGGTATACGCCTAGAACGAATCCCATTATTTGTTTGATCAGTAATTATTACTGTAATTCTTTTACTACTTACACTTCCAGTACTAGCCGGTG
XIFO2_co  ACAAGGTATACAAATTGAACGTCTCCCATTATTCGTTTGAGCAGTATTTATTACAGTAATTTTACTATTACTTTCCCTCCCAGTTTTAGCTGCTG
XIVI_COI  AAGGGGAATAACATTAGACAAAATTCCTTTATTTGTATGAGCTACCTTTATTACAGTAATTATACTTCTTCTTTCTTTACCTGTATTAGCTGGTG

[          580       590       600       610       620       630       640       650       660         
             |         |         |         |         |         |         |         |         |         
Contig#   CTATTACHATACTATTAACHGATCGAAATTTTAATACTTCATTTTTTGA?CCTGC?GGAGGDGGAGACCCHATTTTATTHCAA]
ACA_COI   GCATCACTATACTATTGACAGACTGCAACTTCAACACCACCTTCTTCGACCCCGCCGGAGGAGGAGACCCCATTCTATATCAA
ANLE      CaaTTaCTATaCTTCtTaCAGATCGaaaTTTTAaTACTTCATTCTTTGATCCTGCTGGTGtaGgaGatcctATTCTcTTTCAA
BDIL_COI  AATTTACTATATTGTT-ACTGATCGCAATTTTAATACTTCATTTTTTGATCCTGCAGGAGGTGGGGATCATATTCTATTCCAA
BRPA_COI  CAATTACTATACTTCTTACTGATCGAAATTTTAATACTTCCTTCTTTGACCCAGCTGGTGGTGGAGACCCTATTTTATTTCAG
BRPE      CCATCACTATACTACTAACTGATCGTAATTTTAACACCTCATTTTTTGATCCTGCAGGAGGAGGAGATCCTATTTTATTCCAA
CAGR_COI  CCATTACAATGCTGTTAACAGACCGAAATTTTAATACCTCATTTTTTGACCCCGCAGGGGGAGGGGACCCTATTTTATTCCAG
caho      CAATTACAATACTTCTAACTGACCGAAATTTTAACACCTCATTTTTTGATCCTGCTGGAgGTGGAGACCCTATTTTATTTCAA
CAME_COI  CTATTACAATACTGTTAACCGATCGAAACTTTAATACGTCCTTTTTTGACCCAGCAGGAGGTGGAGACCCAATTCTATTACAA
CAMO_COI  CCATCACAATACTTCTAACTGACCGCAATTTTAATACTTCTTTTTTTGATCCAGCAGGGGGTGGAGACCCAATTTTATTCCAA
CAPA_COI  CAATCACAATATTATTAACAGATCGAAACTTTAATACTTCTTTTTTTGATCCAGCAGGAGGAGGAGATCCAATTCTATTTCAA
CAPH_COI  CAATTACAATACTTCTAACTGACCGAAATTTTAACACCTCATTTTTTGATCCTGCTGGAGGTGGAGACCCTATTTTATTTCAA
CEPR      CtATTACTATATTATTAACtGATCGAAAtTTTAAtACATCTTTcTTTGAcCCTAcAGGGGGTGGAGAcCCt?GTTCTaTt???
CISA_lcO  CAATTACAATACTATTAACTGACCGAAATTTTAACACTTCTTTTTTTGATCCTGCTGGAGGTGGATGATCCAGTTCTATACAA
CROG_COI  CTATTACAATACTATTAACTGACCGAAATTTTAATACCTCTTTTTTTGATCCTGCTGGAGGAGGAGATCCTATTCTTTTTCAA
EOC_COI   CTATTACTATATTACTAACTGACCGAAATTTAAATACTTCTTTCTTTGACCCTGCAGGAGGAGGAGACCCTATTTTATTCCAA
GC2_co1   CTATTACCATATTATTAACAGATCGAAATTTAAATACATCATTTTTTGATCCTATAGGAGGGGGTGATCCAGTACTATATCAA
HIR_COI   CTATTACAATATTATTAACTGATCGTAATTTGAATACTTCATTCTTTGATCCTATAGGTGGTGGAGATCCAGTATTATTTCAG
LUMBRICU  CAATCACAATACTCCTAACAGATCGAAATCTTAATACCTCATTTTTCGA??????????????????????????????????
MOBS      CTATTACAATGCTTCTT??????????????????????????????????????????????????????????????????
OEMA_COI  CTATTACTATACTTTTAACAGACCGAAACTTCAATACCTCATTTTTTGATCCAGCCGGGGGAGGTGATCCAATCTTATTCCAA
PGEO_co1  CTATTACTATATTACTTACTGATCGTAATTTAAATACAACATTTTTTGATCCAGTTGGTGGGGGAGACCCAATTTTATATCAA
PTAN_COI  CTATTACTATACTTTTAACAGATCGCAATTTTAACACATCTTTTTTTGACCCTGCTGGGGGTGGAGACCCTATCTTATTCCAA
SAAT_COI  CTATTACTATATTACTGACAGATCGAAATTTTAACACTTCATTTTTTGACCCTGCTGGAGGAGGAGACCCTATTCTTTTCCAA
TRMA_COI  CAATTACTATATTATTAACAGACCGAAATTTTAATACTTCATTCTTTGACCCAGCAGGAGGTGGAGACCCAGTTTTATTACAA
Tubifex   CAATTACCATACTACTAACAGACCGAAATCTAAATACTTCATTCTTCGACCCTGCCGGTGGGGGAGACCCTGTTCTTTATCAA
XIFO2_co  CTATTACTATACTTCTTACTGATCGTAATTTAAATACTACTTTCTTCGACCCTATGGGTGGTGGGGACCCAGTATTATATCAA
XIVI_COI  CTATTACCATATTATTAACAGATCGAAATTTTAATACTTCATTTTTTGATCCTGCTGGAGGAGGTGACCCTATTCTTTTCCAA

[24 morphological]
ACA_C8S      A???? ????? ????? ???? ?AACC 
ANLE         CAACG CAACA AAAAA CCAA CCCCC
BDIL_C8S     ACACG AAAAC AACAA A?AA CCCCC 
BRPA_C8S     AACCG AAAAC CAAAA CCAA CCCCC 
BRPE_C8S     AACCG AAAAC CAAAA CCAA CCCCC 
CAGR_C8s     ACAAG AGGAA AAAAA CCAA CCCCC 
CAHO_C8s     ACAAG AGGAA AAAAA CCAA CCCCC 
CAME_C8S     ACAAG AGGAA AAAAA CCAA CCCCC 
CAMO_C8S     ACAAG AGGAA AAAAA CCAA CCCCC 
CAPA_C8s     ACAAG AGGAA AAAAA CCAA CCCCC 
CAPH_C8s     ACAAG AGGAA AAAAA CCAA CCCCC 
CEPR         ACAAG accac AcAAA C?cA CCCCC 
CISA_C8s     AAAGG AAAAC AAAAA CCCA CCCCC 
CROG_C8s     ACACG AAAAC AAAAA C?AA CCCCC 
EOC_C8S      AA??? ????? ????? ???C ?CACC 
GCG_C8S      GA??? ????? ????? ???C ?CACC 
HIR_C8S      AA??? ????? ????? ???C ?CCCC 
Lumb_rubC8s  AAAAC ????? ????? ???? ?AAAA 
MOBS         acaag aaaac acaaa c?aa ccccc
OEMA_C8s     ACAAG AGCAC ACAAA C?AA CCCCC 
PGEO_C8S     AA??? ????? ????? ???C ?CACC 
PTAN_C8S     ACAAG AGCAA AAAAA C?CA CCCCC 
SAAT_C8S     ACAAG AGGA? AAAAA C?AA CCCCC 
TRMA_C8s     ACAAC AAACC AAAAA C?AC CCCCC 
Tubifex_C8s  AAAAA ????? ????? ???? ?AAAA 
XIFO         CAAAG AAACA AAAAA C?AA CCCCC 
XIVI_C8s     GAAGG AAAAA ACAAC CCAA CCCCC 

;
end;

begin assumptions;
charset 18S = 1-1827;
charset COI = 1828-2456;
charset morph = 2457-2478;
end;